В середине VI в. до н. э. Малая Азия была завоевана персами. Жившие здесь греки-ионийцы вначале признали их власть, но осенью 500 г. до н. э. подняли восстание, к которому вскоре примкнули греческие города Кипра и островов Эгейского моря. Афины и Эретрия также прислали им свою помощь. В 497–494 гг. до н. э. восставшие были разбиты на суше и на море, Милет, их главный центр, был взят и разрушен персами, а его жители уведены в рабство.
В 494 г. до н. э. персы подчинили себе проливы и острова Эгейского моря Лемнос, Лесбос, Имброс, Парос и Фасос. В 490 г. до н. э. персидская армия высадилась на Эвбее и разрушила Эретрию. Затем персы высадились в Аттике, но в битве при Марафоне потерпели поражение и поспешили отступить. В 486 г. до н. э. персидский царь Ксеркс начал готовить большой поход против Греции. Весной 480 г. до н. э. он переправил через пролив Геллеспонт (современный пролив Дарданеллы) 200 тыс. воинов, которых сопровождал флот из 500 кораблей. Попытки греков перекрыть Фермопильский проход на суше и пролив Эврип на море оказались неудачными.
Персам удалось обойти проход с тыла, и прикрывавшим его воинам пришлось отступить. Геройской смертью погибли спартанский царь Леонид и его воины, прикрывавшие отступление. Проход в Среднюю Грецию был для персов открыт. Ряд греческих государств, прежде всего Беотия и Фокида, перешли на сторону персов. С севера они ворвались в Аттику, заняли и сожгли Афины.
Грек отступили к Коринфскому перешейку, готовясь оборонять Пелопоннес. Их объединенный греческий флот, насчитывавший 380 кораблей, занял позицию у острова Саламин. В состоявшемся здесь морском сражении греки одержали громкую победу. Половина персидских кораблей оказалась уничтожена. Опасаясь оказаться отрезанным, Ксеркс с большей частью армии ушел в Азию. Мардоний, оставленный с 50-тысячным корпусом в Греции, летом 479 г. до н. э. потерпел поражение в битве при Платеях и погиб.
Одновременно греческий флот снова разбил персов в битве при Микале. Часть прибрежных городов Ионии и островов подняли восстание и отсоединились от персов. В 477 г. до н. э. греческие государства, стремившиеся продолжить борьбу, объединились в Морской союз. В 476 г. до н. э. афинский военачальник Кимон захватил владения персов во Фракии, а в 468 г. до н. э. у Эвримедонта разгромил армию персов и финикийский флот. После этого поражения персидские корабли в течение многих десятилетий уже более не отваживались появляться в Эгейском море. И 449 году до нашей эры эти войны закончились мирным договором.