Долгое время считалось, что крепость Мургаб была основана в 1893 году как главное укрепление Российской империи на Памире с названием «Памирский пост».
Строителем укрепления указывался военный инженер штабс-капитан по фамилии Серебренников. По другим, более поздним публикациям, Мургаб основан 26 июля 1903 года как новые казармы российского укрепления на Памире с аналогичным названием, располагавшегося до этого в кишлаке под названием Куни-Курган. Строителем укрепления был военный инженер подполковник Николай Никитич Моисеев. Ранее, на месте посёлка Мургаб, в 1892—1893 годах стояло укрепление под названием «Шаджанский пост»[3].
До середины XIX века территория нынешнего ГБАО и Мургабского района была разделена между Бухарским эмиратом и Кокандским ханством. К Бухарскому эмирату относилась западная часть нынешнего ГБАО, к Кокандскому ханству — восточная часть. Территория, относимая к Бухарскому эмирату, имела статус бекства (княжества) и носила название Рушан. В начале 1870-х годов Кокандское ханство было присоединено к Российской империи, а в 1876 году территория нынешнего Мургабского района и часть территории ГБАО была захвачена Российской империей и включена в состав новообразованной Ферганской области, где было учреждено областное правление. 30 апреля 1918 года территория района вошла в состав Ферганской области Туркестанской АССР. 27 октября 1924 года в результате национально-территориального размежевания Средней Азии Ферганская область была разделена между Кара-Киргизской АО и Узбекской ССР. С 14 октября 1924 года до 2 января 1925 года территория Мургабского района входила в состав Кара-Киргизской АО. После выделения из территории Узбекской ССР Таджикской ССР в 1929 году южная часть Ферганской области, то есть нынешняя территория ГБАО, отошла к Таджикской ССР[3]
.
Мургабский район был образован 27 октября 1932 года согласно решению бюро Горно-Бадахшанского областного комитета Компартии Таджикистана от 25 августа 1932 года «О проведении районирования». По результатам районирования, район вошёл в состав Автономной Горно-Бадахшанской области, которая в декабре 1941 года была переименована в Горно-Бадахшанскую автономную область[3]. В 1942—1947 годах на части территории современного Мургабского района существовал Аличурский район. После распада СССР, 11 апреля 1992 года Мургабский район вошёл в состав полунезависимой
Автономной Республики Бадахшан, которая впоследствии не была признана Верховным Советом Республики Таджикистан и прекратила существование. В том же году Мургабский район вошёл в состав Горно-Бадахшанской автономной области уже независимой Республики Таджикистан[5].