В начале 1613 года в Грановитой палате Кремля был созван Земский собор, который избрал на царство шестнадцатилетнего Михаила Фёдоровича Романова – первого царя новой династии, правившей в России триста лет. В 1635–1636 годах «каменных дел подмастерья» Бажен Огурцов, Антип Константинов, Трефил Шарутин и Ларион Ушаков возвели для царя Михаила Фёдоровича Теремной дворец с приёмными залами и жилыми покоями. Его живописный силуэт, высокая кровля и яркий декор придали парадной половине Государева двора празднично-нарядный облик.
XVII век был настолько насыщен событиями, что люди, жившие в это столетие, назвали его «бунташным». При этом они имели в виду не только восстания и войны, но и сам характер жизни русского общества. Середина XVII века была отмечена глубоким идеологическим кризисом, вошедшим в историю под названием Великого раскола. Его причиной стала реформа русской церк-ви, вдохновителем которой был царь Алексей Михайлович – сын царя Михаила Романова, а про-водил её на первых порах царский любимец – патриарх Никон.
В 1652–1656 годах, в период взлёта своей карьеры, Никон перестроил патриарший дворец в Кремле. Исполнителями заказа были русские мастера Алексей Корольков и Иван Семёнов. Особое восхищение современников вызывал парадный зал дворца – Крестовая палата, где заседали церковные соборы и устраивались пиры в честь высоких гостей. В каменных палатах дворца хранились сокровища Патриаршей ризницы, не менее ценные, чем Государева казна.
При всей устойчивости средневекового быта, в XVII столетии в него стали проникать элементы новой европейской культуры. Так, во времена царя Алексея Михайловича началось увлечение театром. Для спектаклей придворной труппы использовались кремлёвские палаты боярина И. Д. Милославского, тестя царя Алексея Михайловича, выстроенные в начале 1650-х годов. И хотя в дальнейшем это здание неоднократно меняло своё назначение, в историю оно вошло под названием Потешного дворца (слово «потеха» означает «развлечение, забава»).
Во время царствования Алексея Михайловича значительно вырос и усложнился государственный аппарат. В 1675–1680 годах было возведено новое двухэтажное здание приказов, которое протянулось вдоль бровки холма, от Архангельского собора почти до Спасской башни. Оно завершило формирование ансамбля Ивановской площади, на противоположной стороне, которой к этому времени поднялись новые корпуса и храмы Чудова монастыря, и придало более законченный вид панораме Кремля со стороны Москвы-реки.
В 1620–1680-е годы получили ярусные шатровые завершения угловые и проездные башни Кремля (кроме Тайницкой и Никольской). Промежуточные башни, и особенно башни южной, речной стороны, были надстроены скромными низкими шатрами, не мешавшими обзору кремлёвских соборов и дворцов.
К концу XVII века Кремль достиг своего расцвета. Самобытная красота и выразительность его архитектурно-художественного ансамбля вызывала у современников не только искреннее восхищение, но и образное сравнение с райским градом Иерусалимом.