Двор главы русской церкви стал вторым по значению в Московском Кремле, что соответствовало положению двух «избранных богом» правителей России – царя и патриарха.
В недолгие годы царствования Бориса Годунова особое место среди задач его внутренней политики было отведено развитию и строительству русских городов. Эти усилия принесли определённые результаты, о чём можно судить по самым ранним планам Москвы и Кремля, которые относятся ко времени правления Бориса Годунова.
Началом 1600-х годов датируется «Кремленаград» – удивительный по красоте и точности изображения план Кремля. Он показывает, как улицы Москвы, пройдя через Спасские, Никольские, Троицкие ворота Кремля, продолжают своё движение к его центру, где вливаются в Соборную и Ивановскую площади. План передаёт характерные черты кремлёвских дворов – их замкнутый характер, расположение всех входов в здания со стороны двора, выделение его парадной и хозяйственной половин.
Неизвестный автор явно любуется разнообразием и выразительностью архитектурных форм. Интересно, что в поле его зрения вошли только каменные сооружения и что, при всей достоверности, он слегка акцентирует здания, возведённые царём Борисом. Обширностью и уникальностью каменных строений привлекает внимание Цареборисов двор, где жил Годунов до его избрания на царство. На территории Государева двора, который к этому времени занял всю юго-западную часть Кремля, хорошо виден Запасной дворец, построенный при Борисе Годунове. Он выстроен в форме очень значительного по размеру каре, южная сторона которого поставлена на высокий цокольный этаж, выполняющий одновременно роль мощной подпорной стены крутого холма. На «царицыной половине» двора отмечена Золотая палата, возведённая для царицы Ирины, сестры Бориса Годунова. На Ивановской площади расположились каменные здания приказов, также возведённые при царе Борисе. «Кремленаград» не даёт возможности рассмотреть их архитектурные формы, но в альбоме шведского инженера Э. Пальмквиста, приезжавшего вместе с королевским посольством в Москву в 1674 году, дважды воспроизведён Посольский приказ. Видимо, это светское здание конца XVI века, построенное в стилистических традициях возрождения, казалось автору одним из наиболее выразительных в Кремле.
Борис Годунов связывал с Кремлём и более широкие градостроительные планы. В 1600 году колокольня Ивана Великого получила ещё один ярус звона, и её высота достигла восьмидесяти одного метра. Москва нуждалась в подобной вертикали, способной зрительно объединить огромный город. Не лишено оснований предположение о том, что надстройка колокольни была первым этапом осуществления идеи царя Бориса возвести в Кремле подобие Иерусалимского храма. Его предполагаемые размеры, возможно, и вызвали увеличение высоты столпа. Но этот замысел не был воплощён. Надпись золотыми буквами под главой колокольни увековечила имя Бориса Годунова и его наследника – сына Фёдора.
Но основать новую династию Борису Годунову не пришлось – слишком сильны были его противники, знатные семейства князей Шуйских и бояр Романовы