В июне 1812 года армия Наполеона перешла границу России. Отступая, русская армия вынуждена была оставить Москву. Царская сокровищница была вывезена в Нижний Новгород. Только в 1814 году, после ремонта, в здании архитектора И. В. Еготова был открыт первый музей отечественной истории, получивший название Московской Оружейной палаты. Перед широкой публикой предстали древние государственные регалии, троны, коронационные одежды, золотая и серебряная посуда, личные царские вещи, старинное оружие, трофеи Полтавской битвы и памятники Отечественной войны 1812 года.
Сожжённая, разграбленная, но непокорённая древняя столица вызвала высокие патриотические чувства. Появилось стремление не только поднять город из руин, но и бережно сохранить исторические особенности его застройки и своеобразие архитектурного облика. В возрождении Москвы приняли участие все ведущие зодчие России. В Кремле в прежних формах были восстановлены взорванные стены и башни, Арсенал, Успенская звонница и Филаретова пристройка колокольни Ивана Великого. Постепенно вернулись к жизни опустошённые и осквернённые кремлёвские храмы, и монастыри.
По указу императора Николая I в 1838–1851 годах в Кремле был возведён в «национальном русском» стиле новый дворцовый комплекс. Он включил Большой Кремлёвский дворец, построенный на месте Зимнего дворца, здание Апартаментов и более удобное и торжественное здание музея – Московской Оружейной палаты. Архитектор К. А. Тон вёл строительство в границах древнего Государева двора с учётом его исторически сложившихся планировки и застройки. Он сумел композиционно объединить новые здания и уникальные памятники архитектуры XV–XVII веков. Впервые строительству предшествовала реставрация древних церквей и палат, а архитектурные формы и декор теремов XVII века в значительной степени определили внешний облик возводимого дворца. Новые здания образовали ансамбль единственной в Москве площади, созданной в стиле историзма. Она получила название Дворцовой, или Императорской. Пространство площади было открыто к Москве-реке и свободно перетекало в Боровицкую улицу, идущую вдоль бровки холма. В панораме Кремля дворцовый комплекс создал сильный акцент, утраченный после сноса Запасного дворца Бориса Годунова. Но при этом он не лишил древнюю Соборную площадь её исконной роли композиционного центра всего архитектурно-художественного ансамбля.
Пространство к востоку от Соборной площади после сноса приказов оставалось открытым и получило название Драгунского плаца – места, где в XIX веке проходили смотры войск. В 1898 году здесь был открыт памятник Александру II. Статуя императора в полный рост располагалась на пьедестале под сенью высокого шатра. С трёх сторон её окружала галерея с лестницами – сходами к подножию холма. Памятник представлял собой масштабное архитектурное сооружение, которое в какой-то степени вернуло этой части кремля объёмный акцент.
В конце XIX – начале XX века Московский Кремль всё больше осознавался как памятник истории и культуры. Всё чаще сокровища Оружейной палаты, кремлёвских соборов и Патриаршей ризницы участвовали во всероссийских и международных выставках. Потешный дворец XVII века по существу стал хранилищем музейных ценностей. А в 1912 году в ведение Комитета по организации музея Отечественной войны 1812 года было передано здание Арсенала. Не хватило нескольких лет мирной жизни, чтобы этот замысел был осуществлён.