В результате нашествия орд Батыя Русь оказалась под тяжким бременем монголо-татарского ига, однако сохранила свою государственность. Главной формой зависимости стала выплата дани. Кроме того, князья вынуждены были получать в Орде ярлыки (грамоты) на владение своими землями. В 1243 году владимирский князь был признан Батыем старшим среди князей Северо-Восточной Руси. Он стал носить титул «великого». Передавая ярлык на великое княжение владимирское от одного князя к другому, правители Орды превратили его в объект длительной междоусобной борьбы.
В 1328 году ярлык на великое княжение получил сын московского князя Даниила Иван Калита. Сумев наладить мирные отношения с ханом, он добился права собирать дань со всех русских земель. На сорок лет прекратились татарские набеги на Русь. Московский князь обложил страну удвоенной данью, часть которой утаивал от хана. Видимо, отсюда его прозвище «калита», что означает «сумка, денежный мешок».
Для истории Москвы и Кремля особенно важен тот факт, что, получив ярлык, Иван Калита не переехал в стольный Владимир, как делали другие князья, а остался в Москве, расширял своё княжество, подчиняя и покупая другие земли и города. При нём из Владимира в Москву переехал глава русской церкви – митрополит Пётр, авторитет которого был исключительно высок.
В связи с этим изменил своё значение и Московский Кремль. Из обычного укреплённого центра города он стал резиденцией великого князя и митрополита. На его территории стали возводить сооружения не только из дерева, но и из белого камня. На самой высокой точке Боровицкого холма в 1326–1327 годах был построен Успенский собор – главный храм княжества, в 1329 году – церковь-колокольня Иоанна Лествичника, в 1330 году – собор Спаса на Бору, а в 1333 году – собор Архангела Михаила, в котором был похоронен Иван Калита и его потомки. Эти первые белокаменные храмы Москвы определили пространственную композицию центра Кремля, которая в основных чертах сохраняется и сегодня.
При Иване Калите Москва активно растёт, а его резиденция на Боровицком холме начинает осознаваться как отдельная, главная часть города. И, видимо, неслучайно в Воскресенской летописи под 1331 годом впервые появляется её собственное имя – Кремль.