„Пять недель продолжалась неукротимая ярость царева", — говорит современник. Когда наконец царю надоела такая потеха на Волхове, он начал ездить по монастырям и приказал перед своими глазами истреблять огнем хлеб в скирдах и в зерне, рубить лошадей, коров и всякий скот. Осталось предание, что, приехавши в Антониев монастырь, царь отслушал обедню, потом вошел в трапезную и приказал побить все живое в монастыре. Расправившись таким образом с иноческими обителями, Иван начал прогулку по мирскому жительству Новгорода, приказал истреблять купеческие товары, разметывать лавки, ломать дворы и хоромы, выбивать окна, двери в домах, истреблять домашние запасы и все достояние жителей. В то же самое время царские люди ездили отрядами по окрестностям Новгорода, по селам, деревням и боярским усадьбам разорять жилища, истреблять запасы, убивать скот и домашнюю птицу.
Наконец, 13 февраля, в понедельник на второй неделе поста, созвал государь оставшихся в живых новгородцев; ожидали они своей гибели, как вдруг царь окинул их милостивым взглядом и ласково сказал: „Жители Великого Новгорода, молите всемилостивого, всещедрого человеколюбивого Бога о нашем благочестивом царском державстве, о детях наших и о всем христолюбивом нашем воинстве, чтоб Господь подаровал нам свыше победу и одоление на видимых и невидимых врагов! Судит Бог изменнику моему и вашему архиепискому Пимену и его злым советникам и единомышленникам; на них, изменниках, взыщется вся пролитая кровь; и вы об этом не скорбите: живите в городе сем с благодарностью; я вам оставляю наместника князя Пронского“».
Самого Пимена Иван отправил в оковах в Москву. Иностранные известия говорят, что он предавал его поруганию, сажал на белую кобылу и приказывал водить, окруженного скоморохами, игравшими на своих инструментах. «Тебе пляшущих медведей водить, а не сидеть владыкою», — говорил ему Иван. Несчастный Пимен был отправлен в Венев в заточение и жил там под вечным страхом смерти. Число истребленных показывается современниками различно, и, вероятно, преувеличенно. Псковской летописец говорит, что Волхов был запружен телами. В народе до сих пор осталось предание, что Иван Грозный запрудил убитыми новгородцами Волхов, и с тех пор, как бы в память этого события, от обилия пролитой тогда человеческой крови, река никогда не замерзает около моста, как бы ни были велики морозы.
Последствия царского погрома еще долго отзывались в Новгороде. Истребление хлебных запасов и домашнего скота произвело страшный голод и болезни не только в городе, но в окрестностях его; доходило до того, что люди поедали друг друга и вырывали мертвых из могил. Все лето 1570 года свозили кучами умерших к церкви Рождества в Поле вместе с телами утопленных, выплывавших на поверхность воды, и нищий старец Иван Жегальцо погребал их.
Иван покинул Новгород и нацелился на другой оплот инакомыслия — Псков. Беда, кажется, миновала. Древний город, из которого выступило царское войско, больше напоминал разоренный жестоким врагом. Новгородцы дрожали, что Иван Васильевич передумает и вернется добивать уцелевших. Они надеялись лишь на то, что он вычистил всю измену и доволен результатом. Им повезло. Иван Васильевич не вернулся. За всякой крамолой в покинутом городе теперь следил назначенный им наместником боярин Петр Данилович Пронский. Свою работу этот боярин выполнял хорошо, точно по царскому слову, блюдя Новгород от измены и «видимых и невидимых» врагов, которые мнились Ивану Васильевичу по всей русской земле.
Боярину вменялось содержать новгородцев в благодарности царю, то есть — в страхе полного истребления. В Александровскую слободу из Новгорода повезли пленных — это был несчастный Пимен, мечтавший совсем недавно стать митрополитом, священники и дьяконы, которые уцелели после правежа, но не откупились от наказания, и некоторые новгородские семейства. А основное войско двинулось на Псков.