Костомаров вернулся в Саратов и стал приводить в порядок собранные в Публичной библиотеке выписки о внутренней истории Древней Руси, занимался описанием саратовского края, народными малоросскими песнями. Опубликовал он и свои собственные сочинения на этом языке под юношеским еще псевдонимом Иеремия Галка. После коронации нового императора был издан высочайший манифест, освободивший историка от надзора. И первое, что сделал Костомаров: отправился в заграничное путешествие, объездив практически все континентальные европейские страны. Вернувшись в Саратов, он снова окунулся в воды истории: писал очерк домашнего быта и нравов великорусского народа, затем — «Бунт Стеньки Разина», а в августе 1858 года к нему приехал губернский предводитель дворянства князь Владимир Алексеевич Щербатов и стал уговаривать «от имени саратовского дворянства взять временно место делопроизводителя в предполагавшемся тогда губернском комитете по улучшению быта крестьян». Комитет должен был выработать условия освобождения крестьян.
«Членов комитета — относительно их убеждений и способов заявления мнений о предлежавших вопросах — можно было разделить на три рода, — рассказывает историк. — Первые — строгие защитники дворянских интересов, имевшие в виду исключительно выгоду дворянства; вторые — умеренные либералы, которые хотя и стояли за дворянские выгоды, но показывали заботы и о том, чтобы и крестьянам было по возможности выгодно; третьи — составлявшие, как и везде, меньшинство, стояли за крестьян с готовностью принести жертвы и со стороны дворянства. Но справедливость требует заметить, что из последних были и такие, которые, прослышавши наперед о том, что правительство дает крестьянам свободу, поспешили предложить крестьянам свободу сами, постаравшись удержать за собою землю и освободивши крестьян на таких условиях, на каких сами крестьяне спустя несколько месяцев позже не согласились бы принять этой свободы. С другой стороны, можно было указать и на таких, которых во время комитетских заседаний, судя по их отзывам, надобно было поместить в число крайних крепостников, но которые впоследствии рассчитались со своими крестьянами самым гуманным образом и даже безденежно подарили им земельный надел. Видя это близко, я вполне убедился, что русский человек способен действовать по сердцу так человеколюбиво, как не способен по своим убеждениям. Вообще же саратовский комитет постановил отпустить безвозмездно всех дворовых людей и не удерживать крестьянского имущества в пользу дворянства».
Когда действие комитета подошло к концу, Костомарова пригласили занять кафедру русской истории в Петербургском университете. «Радость моя была чрезвычайная, — писал он, — готовясь вступить на кафедру, я продолжал сидеть по целым дням в Публичной библиотеке. Ноября 20-го назначена была мне вступительная лекция в университете. Стечение публики было большое: несколько государственных лиц посетили мою лекцию. По окончании чтения последовали громкие рукоплескания, а потом толпа молодых людей подхватила меня на руки и вынесла из университетского здания к экипажу.
С тех пор начались мои обычные чтения лекций. Стечение публики не только не умалялось, но с каждою лекциею возрастало: аудитория моя всегда была битком набита лицами всякого звания, и между ними было множество женщин и девиц. Я продолжал заниматься и в Публичной библиотеке: готовил лекции и писал другие сочинения. Моя вступительная лекция отдана была для напечатания в журнал „Русское слово". В „Современник" отдал я отрывок из своих лекций „О начале Руси". Кроме того, я по читанным тогда лекциям предположил составить статью о русских инородцах, изложив их историю и настоящее этнографическое их положение. Я начал с литовцев, изложив древнюю историю событий, составил описание внутреннего быта литовского племени и приложил разбор их современной народной поэзии. Статья эта отдана была в „Русское слово", где и напечатана в следующем году. Вступая на кафедру, я задался мыслию в своих лекциях выдвинуть на первый план народную жизнь во всех ее частных видах. Долговременное занятие историею развило во мне такие взгляды. Я видел, что государства являлись более случайным плодом завоеваний, чем необходимым последствием географических и этнографических особенностей народной жизни. Всегда почти поэтому государство составлялось не из одной народности; сильнейшая подавляла слабейших, стремилась подчинить, а иногда и ассимилировать их, считала за собою право власти над ними, которое освящалось давностию, допускала над ними насилие и всякую с их стороны попытку к самосохранению признавала преступлением.