В декабре 1841 года рукопись была готова к печати, но цензура запретила ее выпуск. Гоголь был подавлен и искал выход из создавшегося положения. Втайне от московских друзей, он обратился за помощью к Белинскому, который в это время приехал в Москву. Критик пообещал помочь Гоголю, и через несколько дней уехал в Петербург. Петербургские цензоры дали разрешение напечатать "Мертвые души", но потребовали изменить название произведения на «Похождения Чичикова, или Мертвые души». Таким образом они стремились отвлечь внимание читателя от общественных проблем и переключить его на похождения Чичикова.
«Повесть о капитане Копейкине», сюжетно связанную с поэмой и имеющую большое значение для раскрытия идейно-художественного смысла произведения, цензура категорически запретила. И Гоголь, дороживший ею и не жалевший от нее отказываться, был вынужден переработать сюжет. В первоначальном варианте вину за бедствия капитана Копейкина он возлагал на царского министра, равнодушного к судьбе простых людей. После переделки вся вина была приписана самому Копейкину.
В мае 1842 года книга поступила в продажу и, по воспоминаниям современников, была раскуплена нарасхват. Читатели сразу же разделились на два лагеря – сторонники взглядов писателя и те, кто узнал в персонажах поэмы себя. Последние, главным образом, помещики и чиновники, сразу обрушились на писателя с нападками, а сама поэма оказалась в центре журнально-критической борьбы 40-х годов.
После выхода первого тома Гоголь полностью посвятил себя работе над вторым (начатым еще в 1840 году). Каждая страница создавалась напряженно и мучительно, все написанное казалось писателю далеким от совершенства. Летом 1845 года, во время обострившейся болезни, Гоголь сжег рукопись этого тома. Позднее он объяснил свой поступок тем, что «пути и дороги» к идеалу, возрождению человеческого духа не получили достаточно правдивого и убедительного выражения. Гоголь мечтал переродить людей путем прямого наставления, но не смог – он так и не увидел идеальных «воскресших» людей. Однако его литературное начинание было позднее продолжено Достоевским и Толстым, которые смогли показать перерождение человека, воскресение его из той действительности, которую так ярко изобразил Гоголь.