Достаточно ли чувствителен тест ПЦР?
ПЦР очень чувствительна и позволяет обнаруживать присутствие вирусной РНК (с помощью ПЦР вирус обнаруживается путем нацеливания на один или несколько фрагментов гена). Фрагмент гена может быть обнаружен, и вирус «положительно обнаружен». Но активна ли эта вирусная РНК? То есть может ли обнаруженная вирусная РНК воспроизводиться или инфицировать человека (вирулентность) или передаваться другим людям (инфекционность)? ПЦР-обнаружение вирусов полезно, если можно понять ее точность: она дает возможность обнаруживать РНК в ничтожных количествах, но может быть неясно, представляет ли эта РНК инфекционный вирус.
Культивирование вируса в качестве эталонного теста. Что такое эталонный тест и базовый уровень? Многие научные эксперименты относительны в том смысле, что они не дают абсолютных значений или не требуют учета контекстно-зависимых данных. В этом смысле для научных приборов и измерений типично требовать калибровки или определения базовой линии. Базовая линия и калибровка позволяют исследователю интерпретировать результаты. В связи с этим: Вирусная культура [действует] как эталонный тест, по которому должен быть измерен и откалиброван любой диагностический индексный тест на вирусы, чтобы понять прогностические свойства этого теста.
Означает ли ПЦР «ИСТИННО ПОЛОЖИТЕЛЬНЫЙ» инфекционность или вирулентность?
Что вирусная культура говорит о положительных результатах ПЦР?
ПЦР-тест может найти вирус, который искал. Результатом является положительный результат ПЦР, но остается важный вопрос: активен ли этот вирус, т. е. заразен или вирулентен? Один только ПСР не может ответить на этот вопрос. Чтобы ответить на этот вопрос: В вирусной культуре вирусы вводятся в лабораторные клеточные линии, чтобы увидеть, вызывают ли они повреждение и гибель клеток, тем самым высвобождая целый набор новых вирусов, которые могут инфицировать другие клетки.
То есть, если ПЦР обнаруживает вирус в образце человека, это обнаружение может соответствовать вирусу, который теперь неспособен инфицировать клетки и воспроизводиться. Исследователи могут определить, заразен ли вирус, введя его в клетки (культуральные клетки). Если эти клетки не поражены вирусом и вирус не воспроизводится в них, то тест ПЦР обнаружил вирус, который больше не активен. Это означает, что положительный результат ПЦР не является инфекционным.
Истинно-положительные результаты ПЦР в сравнении с инфекционностью и вирулентностью
Означает ли положительный результат ПЦР ИСТИННЫЙ ПОЛОЖИТЕЛЬНЫЙ, если фрагменты гена, нацеленные на ПЦР, уникальны для вируса, а ПЦР ОЧЕНЬ НАДЕЖНА?
Есть предположения относительно того, действительно ли ПЦР может найти вирус в образце человека, или, возможно, ПЦР недостаточно специфична и может дать положительный результат при наличии других вирусов. Некоторые производители ПЦР сообщают нам, что существует «перекрестное заражение» и «неспецифическое» вмешательство в список вирусов и другие в их руководствах по эксплуатации .
ВОЗМОЖНОСТЬ ПЕРВАЯ : тест ПЦР положительный, но это произошло из-за перекрестного загрязнения или неспецифических взаимодействий. Тогда тест будет ЛОЖНО ПОЛОЖИТЕЛЬНЫМ, потому что вирус SARS Cov2 не присутствует в образце. Это означает, что положительный результат ПЦР является ЛОЖНЫМ ПОЛОЖЕНИЕМ, а не ИСТИННЫМ ПОЛОЖИТЕЛЬНЫМ результатом. Но это не единственная возможность.
ВОЗМОЖНОСТЬ ВТОРАЯ : Даже если тест ПЦР обнаруживает только ИСТИННЫЕ ПОЛОЖИТЕЛЬСТВА в том смысле, что в образце присутствует вирус SARS Cov2, или, лучше сказать, фрагмент целевого гена, еще предстоит выяснить, может ли человек заразить других или даже вирус все еще заражает самого человека, являющегося носителем вируса.
В исследованиях вирусной культуры SARS Cov2 обнаружили, чтобы оценить инфекционность (горизонтальная передача или способность вируса распространяться среди хозяев) и вирулентность (способность патогена инфицировать или повредить хозяина): Проанализированы данные исследований, сообщающих о вирусной культуре или выделении, а также о полимеразной цепной реакции с обратной транскриптазой (ОТ-ПЦР), чтобы лучше понять, как результаты ПЦР отражают инфекционность.
Что это значит? Означает ли: 1) ИСТИННО ПОЛОЖИТЕЛЬНЫЙ ПЦР, что вирус, обнаруженный у человека, мог передаваться другим людям или был вирулентным? 2) Вирус больше не был инфекционным или вирулентным?
Объяснение, заразен ли вирус?
Представьте, что вирус проникает в ваше тело. Через несколько месяцев это может больше ничего не делать. Он может ничего не делать с вашими клетками (вирулентность), а также может быть лишен способности проникать в другого человека (инфекционность), когда вы говорите или чихаете. Также возможно, что этот вирус просто никогда ничего с вами не делал и не заразился с самого начала. Но следы вируса могут все еще присутствовать в человеке. В этом случае вирус присутствует, но неактивен.
Итак, как узнать, активен ли вирус? Вы делаете ПЦР. Если вирус обнаружен у человека (ИСТИННО ПОЛОЖИТЕЛЬНЫЙ ПЦР), этот вирус вводят в культуральную клетку. Если при введении этого вируса в культуральные клетки вирус не может воспроизводиться в клетках, этот вирус больше не сможет никого заразить. Это означает, что даже если вы положительный результат ПЦР, вы больше не заразны, то есть вирус в вас больше не активен.
Вывод: ИСТИННЫЙ ПОЗИТИВ в ПЦР не всегда означает, что человек представляет какую-либо опасность для общества. Вирус не может передаваться, если культура клеток показывает, что вирус не является инфекционным. К сожалению, связать ПОЛОЖИТЕЛЬНУЮ ПЦР с инфекционностью непросто, если рассматривать популяцию в целом. Для этого потребуется 1) модель (корреляция), которая сопоставляет ПОЛОЖИТЕЛЬНОСТЬ ПЦР и / или симптомы с инфекционностью, проверенной с помощью вирусной культуры, или 2) вирусная культура для каждого отдельного случая.
Есть ли доказательства того, что кто-то заразен после результатов ПЦР?
Ученные утверждают, что после поиска корреляции между ПЦР и вирусной культурой не было найдено никаких выводов, поскольку время от сбора и тяжесть симптомов необходимы для корреляции среди прочего, чтобы найти подходящую модель. В настоящее время почти все не ищут симптомы у людей. Положительные результаты называются ПЦР-положительными бессимптомными, если они не проявляют никаких симптомов. Исследователи говорят: Данные о том, как результаты ПЦР соотносятся с результатами вирусных культур, немногочисленны. Имеются некоторые свидетельства взаимосвязи между временем от сбора образца до анализа, серьезностью симптомов и вероятностью того, что кто-то заразен.
Это означает, что положительные результаты ПЦР могут привести, а могут и не привести к заключению, что субъект, получивший положительный результат ПЦР, является заразным. Почему? Потому что положительные результаты ПЦР не коррелируют с ростом вируса в культуре.
Могут ли последовательные тесты на одном и том же человеке дать противоречивые результаты?
То, что тест ПЦР дает положительный или отрицательный результат, зависит от того, как проводится эксперимент. Кроме того, поскольку неизвестно, коррелирует ли и как положительные результаты ПЦР с инфекционностью и как следует интерпретировать эту корреляцию, интерпретация ПОЛОЖИТЕЛЬНЫХ результатов ПЦР не дает окончательных результатов.
Пороговые значения цикла - это время, в течение которого усиливающий тест должен быть повторен для получения положительного результата. Чем выше концентрация вируса, тем меньше циклов амплификации .
Некоторые люди могут дать положительный результат после запуска теста ПЦР с высоким порогом, а другие - с низким порогом. Один только порог может сказать, а может и не сказать, несет ли кто-либо инфекционную вирусную РНК.
Берегите себя!