Но довольно значительное число повстанцев погибло, уже оказавшись в плену. Многие умирали во время перегонов с одного места на другое. Так, из партии в 397 пленных повстанцев, захваченных после битвы у Татищевой крепости, во время пешего двухмесячного перехода в Казань умерло 114 человек. Большую смертность среди пленных повстанцев можно наблюдать и в Оренбурге: в апреле погибли 180 колодников, в мае — 463. Об этом мы знаем из рапортов караульных офицеров, однако в делопроизводстве Оренбургской секретной комиссии за июнь—сентябрь 1774 года подобные рапорты отсутствуют, а потому и данных о смертности в эти месяцы мы не имеем. Высокая смертность заключенных в Оренбурге была вызвана тяжелыми условиями содержания: скученностью, антисанитарией, повальными болезнями, скудным питанием. А недостаток и дороговизна провианта, в свою очередь, были связаны с распутицей, не позволявшей подвозить продовольствие[811].
Кроме пугачевцев, казненных или наказанных по приговору секретных комиссий и Тайной экспедиции Сената, наказаниям были подвергнуты пленные бунтовщики, по тем или иным причинам не попавшие в эти ведомства. Речь идет как о внесудебных расправах, так и о проводившихся, как правило, после скоротечного следствия воинскими командами, гражданской и военной местной администрацией. Например, 6 февраля 1774 года по приказанию челябинских властей было повешено 180 пленных повстанцев, а также шесть человек, помогавших одному заводскому крестьянину бежать к бунтовщикам. По признанию П. И. Панина в письме императрице, к 25 января 1774 года по его приказанию было казнено 326 пугачевцев. Однако, по мнению Р. В. Овчинникова, число казненных по приговорам Панина намного превосходило названную цифру. К ней надо добавить несколько десятков повстанцев, плененных после поражения под Солениковой ватагой и казненных по жребию[812].
Панин считается одним из самых жестоких усмирителей пугачевщины. Так, из записки «О числе наказанных» узнаём, что по его предписанию с 1 августа по 16 декабря 1774 года, помимо 324 казненных, 1607 человек подверглись телесным наказаниям, среди них 399 «наказано кнутом и большею частию с урезанием ушей». Опять же по предписанию Панина из шести тысяч повстанцев, взятых в плен под Черным Яром, без наказания были освобождены лишь 300 человек, а 98 отосланы «к разсмотрению дел к губернаторам и в протчие места». Остальные пленные подверглись телесным наказаниям, а многие, как уже говорилось, казнены по жребию. Комментируя эти сведения, Р. В. Овчинников пишет: «Если принять во внимание, что Панин был полновластным сатрапом в поволжских губерниях еще в течение семи месяцев, до начала августа 1775 г., то число репрессированных по его приговорам достигало, вероятно, двух десятков тысяч человек»[813]. Скорее всего, эта цифра сильно завышена, ведь восстание уже шло на спад, а значит, и надобность в массовых репрессиях снижалась, однако какие-то расправы над повстанцами, несомненно, проводились и после 16 декабря 1774 года. Кроме того, мы уже убедились, что Панин занижал число казненных и наказанных, а потому нельзя исключать и того, что о каких-то расправах, учиненных по его приказанию, мы вовсе не знаем.
Так же трудно установить, какое число людей казнили подчиненные Панина, руководствуясь его инструкциями, например циркуляром от 25 августа 1774 года, в котором, помимо прочего, говорилось: если «заводчиков», то есть наиболее активных бунтовщиков, причастных к убийствам «начальников, собственных помещиков, священников, настоящими обличениями изыскивать будет уже нельзя, то в таковых селениях, где начальники, священники и всякого звания верноподданные умерщвлены или преданы их же поселянами, принуждать к выдаче заговорщиков метанием между ними жребия для повешения третьяго, а ежели и сим средством они их не выдадут, то и действительно сотаго, между таковыми по жребию повесить, а остальных всех возрастных пересечь жестоко плетьми». Если население и впредь будет присоединяться к бунтовщикам, называть Пугачева Петром III «или кто сделает малейшее ослушание воеводам, канцеляриям, всяким над собою начальникам и собственным помещикам, а другие таковых заводчиков или подсыльных от государственных бунтовщиков не свяжут и в ближайшую канцелярию или в воинскую команду не представят, за то в самой скорости присланными из войск команды генерала графа Панина все в таковых селениях без изъятия возрастные мужики будут казнены мучительнейшими смертями, жены и дети их отданы в рабство…»[814].