Как же Нео смог остановить Спрутов в реальном мире? Неужели Зион часть Матрицы или во всем виноват Архитектор? Предлагаю посмотреть немного внимательнее. В трилогии есть как минимум 2 момента когда окружающие как-бы удивляются что он все еще человек, а не программа. Первый эпизод в Зионе, второй с Меровингеном, когда он видит кровь Нео. Так же мы имеем эпизод когда бывший агент с именем Смит переписывает одного из "гостей Матрицы" под свой код. Подводим промежуточный итог. Мы имеем тех кто удивляется что Нео все еще человек, а не программа т.к. он живет в Зионе и в Матрице у него идет кровь(эпизод с кровью был добавлен по ходу сьемок фильма) и программу (хоть и частично), что живет в Зионе в теле человека, т.е. программа может жить в теле человека при соблюдении определенных условий. Все помнят сколько "контактов" имеют люди, отключенные от Матрицы по всему телу? Чтобы все это работало в теле человека с момента подключения наверняка вживляетс