С момента катастрофы в Раккун-Сити прошло 3 месяца, Клэр Рэдфилд продолжает поиски своего брата. В процессе девушка оказывается в одном из европейских офисов "Амбреллы", где ее ловят бойцы корпорации после неудачной попытки побега. Связанная по рукам и ногам, Клэр депортируется на остров Рокфорд, на котором располагается теневая тюрьма "Амбреллы", а также поместье семьи Эшфорд.
Эдвард Эшфорд являлся одним из основателей корпорации, который в свое время отыскал первые бактерии вируса "Предок". Именно от него потом и пошли все остальные модификации заразы, уничтожающей личность человека и превращающей его в безмозглого монстра, поедающего чужую плоть.
После смерти главы семейства продолжил изучение вируса Александр Эшфорд, сын Эдварда. В результате одного из экспериментов ученые Александра вырастили двух близнецов - мальчика Альфреда и девочку Алексию. Проект по выращиванию детей получил название "Вероника" в честь основательницы семьи Эшфорд. Ген Вероники также был использован в качестве основы для опытов, и со временем управление проектом полностью перешло в руки Алексии.
Сначала Алексия, выведя новый штамм вируса, испытывает его на Александре, однако эксперимент оказывается неудачным. Пытаясь стабилизировать препарат, девушка вводит его в себя, а после отправляется в крио-заморозку на долгих 15 лет. Альфред же берет бразды правления тюрьмой на острове, куда спустя 15 лет и попадает Клэр.
Правда, ее так и не успели толком допросить, так как на базу "Амбреллы" нападает неизвестный враг. Надсмотрщик, видимо, не был лишен сострадания, а потому он открывает двери темницы Клэр и выпускает ее на свободу. Попутно мужчина сообщает, что ей все равно никак не выбраться с острова, по которому уже вовсю шастают зомби и неизвестные вооруженные люди.
Пытаясь спастись, Клэр встречает Стива Бернсайда, который также являлся заключенным Рокфорда. Сначала Стив не принимает помощь своей новой знакомой, полагая, что ему лучше одному, но в процессе двое постоянно встречаются и попутно спасают жизни друг друга.
Так герои и перемещаются по суше, отстреливая зомби и выживших охранников тюрьмы, пока не встречают лично Альфреда. Сначала он винит Клэр во всем случившемся с базой, но голос другого мужчины прерывает разглагольствования Альфреда - на арене появляется чудом воскресший Альберт Вескер. Именно он стоит за атакой на остров, а его целью являются образцы вируса "Вероника".
Само собой, Клэр не могла допустить, чтобы такое опасное биооружие оказалось в руках очередного маньяка. Остановив Вескера, обретшего сверхъестественные способности, она вместе со Стивом погружаются на самолет и покидают Рокфорд, попутно расправившись с очередным ожившим Тираном. Тюрьма и поместье Эшфордов было уничтожено, но герои рано радовались, ведь управление самолетом перестает им подчиняться.
Судьба Альфреда и Алексии Эшфорд так и остается неизвестной.
До поры, до времени...