Вторым острым национально-территориальным конфликтом в Грузии стал кризис в Южной Осетии. Корни этого конфликта уходят в докоммунистическое прошлое. Осетины были в основном безземельными крестьянами, работавшими у грузинских землевладельцев. Во время Гражданской войны правительство Грузинской республики беспощадно подавило поддержанное большевиками восстание осетин, желавших разделить помещичью землю. По мнению грузин, территория Южной Осетии – исконно грузинская, а ее осетинское население – недавние пришельцы и потому никаких прав на землю, а тем более на независимость – не имеют. Многие грузины таких же взглядов придерживались и в отношении абхазов.
В 1921 г. в составе советской Грузии была образована Юго-Осетинская автономная область (ЮОАО). По переписи 1989 г., две трети ее 100-тысячного населения составляли осетины, 29 % – грузины. При этом, хотя половина семей была смешанного осетино-грузинского происхождения, грузины третировали осетин как граждан второго сорта. Осетины протестовали против дискриминации по этническому признаку. 10 ноября 1989 г., в целях защиты интересов осетинского населения Совет народных депутатов ЮОАО принял решение о ее преобразовании в автономную республику. Верховный Совет Грузинской ССР признал это решение неконституционным, после чего колонны вооруженных грузинских националистов двинулись на столицу Южной Осетии Цхинвал, на окраинах которого их остановили советские внутренние войска. Город был взят в осаду, продолжавшуюся несколько месяцев. С обеих сторон появились первые жертвы.
Поскольку региональным партиям запретили участвовать в новых выборах грузинского парламента, Южная Осетия бойкотировала их. В сентябре 1990 г. была провозглашена Южно-Осетинская республика, и 9 декабря 1990 г. прошли выборы в ее Верховный Совет. На следующий день Верховный Совет Грузии упразднил осетинскую автономию. Началась новая блокада Южной Осетии, длившаяся около семи месяцев. Грузинские военизированные формирования вторгались на территорию самопровозглашенной республики, жгли деревни, угоняли скот, грабили и убивали мирных жителей. Люди страдали от голода и других лишений. В ответ осетины также чинили жестокости в отношении их соседей – грузин. Союзное руководство практически ничего не сумело сделать для разрешения конфликта. Тем не менее, на общесоюзном референдуме 17 марта 1991 г. население Южной Осетии проголосовало за сохранение СССР, так как только в его рамках могло произойти воссоединение с Северной Осетией – автономной республикой в составе РСФСР.
В западной части СССР острый национально-территориальный конфликт разгорелся в 1990 г. в Приднестровье.
Территория нынешнего Приднестровья была включена в состав России по Ясскому миру (1791) в результате войн с Османской империей. Эти плодородные земли в течение нескольких десятилетий были заселены казаками, русскими и украинскими беглыми крестьянами, румынскими крестьянами из-за Днестра, а также колонистами – немцами, болгарами, сербами, армянами и др. В 1812 г. в состав России было включено и населенное румынами междуречье Днестра, Прута и Дуная – Бессарабия, которая стала особой, долго сохранявшей некоторую автономию Бессарабской губернией. В 1918 г., во время Гражданской войны в России, Бессарабия была аннексирована Румынией, а Приднестровье стало частью советской Украины. В 1924 г. советские власти образовали Молдавскую Автономную ССР (МАССР), имея в виду создание предпосылок для присоединения Бессарабии. Территория МАССР включала нынешнее Приднестровье и часть Одесской области, где молдавского населения практически не было. Центром МАССР сначала был город Балта, а с 1929 г. – Тирасполь.
Когда в 1940 г., в соответствии с секретными протоколами к «договору Молотова – Риббентропа», Советский Союз занял Бессарабию, 11 районов МАССР из 17 были возвращены Украине, а 6 вошли во вновь образованную Молдавскую ССР. Так Молдавии была «компенсирована» потеря Южной Бессарабии с городом Измаилом и частью гирла Дуная, переданных Украине. В 1941 г. Молдавия была оккупирована Германией и передана ее союзнику – Румынии. В 1944 г. Молдавская ССР была восстановлена в прежних границах. Таким образом, левый берег Днестра был частью Румынии только на протяжении нескольких военных лет. Поэтому самосознание жителей левобережья, в том числе и молдаван, существенно иное, чем в Бессарабии, обитатели которой не пережили в СССР ломку первых 25 лет коммунистической диктатуры.
Приднестровье было самым промышленно развитым, урбанизированным и богатым регионом советской Молдавии. Его доля в населении составляла всего 17 %, но там производилось 35 % ВВП и 56 % потребительских товаров, треть сельскохозяйственной продукции, почти вся электроэнергия. Через Приднестровье проходили основные коммуникации всей Молдавии с остальной частью СССР (железные и автомобильные дороги, газопровод, линии электропередачи), что было использовано приднестровскими лидерами во время конфликта.
Строительство крупных предприятий, благоприятные природно-климатические условия и процесс советизации Молдовы привлекли в республику, в особенности в Приднестровье, значительное число мигрантов, в основном русских и украинцев. Вместе с тем, индустриализация вызвала перемещение массы бывших молдавских крестьян в города. Там они замещали тех, кто был выслан при Сталине как «враждебный элемент», вымер в голодные послевоенные годы, был мобилизован на освоение целины, эмигрировал или был уничтожен нацистами (в первую очередь евреи) и т. п.
Естественные процессы смены поколений и передачи культурных традиций, в том числе национальной терпимости, были нарушены. К концу 60-х гг. выходцы из Бессарабии захватили господствующие позиции в партийно-государственном аппарате, включая и Приднестровье. В социальной и межэтнической конкуренции за руководящие посты, престижную работу и другие блага они стали все больше опираться на групповую солидарность. Знание румынского языка, принадлежность к «истинно европейской» румынской нации превратились в политический ресурс. Создался типичный для многих регионов бывшего Советского Союза блок местной партийно-советской номенклатуры и националистически настроенной части интеллигенции, ориентировавшейся на румынский период истории Молдавии. В экологических бедах, вызванных непродуманной химизацией и интенсификацией сельского хозяйства, винили московские власти, «пришельцев»-немолдаван.
Местные националисты «забыли», что при румынах жители Бессарабии считались «людьми второго сорта» и подвергались, хоть и не очень жесткой, дискриминации: им трудно было занять какой-либо административный пост, стать офицером румынской армии и т. п. Именно поэтому в годы Второй мировой войны в Бессарабии не было никакого партизанского движения: ни антирумынского, ни антисоветского, как, например, в Прибалтике. Националистам эти факты было просто невыгодно помнить. Их лозунги были как будто списаны с лозунгов организации «Сфатул Цэрий» эпохи 1918 г. Доходило до курьезов: не знавшие румынской грамматики националисты писали плакаты на латинице с грамматическими ошибками.
В Приднестровье к моменту распада СССР молдаване, украинцы и русские составляли примерно по 30 % населения, еще 10 % приходились на сербов, болгар, немцев, евреев и др. При этом до половины жителей региона имели этнически смешанное происхождение. В регионе не наблюдалось признаков межнациональной розни, религиозной или этнической нетерпимости.
В 1988–1989 гг., пользуясь возможностями демократизации и гласности, ранее потаенный румынский патриотизм молдаван оформился в ряд общественно-политических движений, выдвигавших антикоммунистические и антирусские лозунги и выступавших за возрождение румынского языка и культуры. В 1989 г. эти движения объединились в Народный фронт Молдовы. Наиболее радикальная часть руководителей этой организации призывала к воссоединению с Румынией, изгнанию «мигрантов» и запрещению русского языка. Публикация законопроектов о государственном языке и переводе его на латинскую графику вызвала на левом берегу Днестра протесты организовавшегося в августе 1989 г. Объединенного совета трудовых коллективов (ОСТК), который провёл мощные политические забастовки. Население Приднестровья выступало за сохранение русского как одного из государственных языков, возражало против латинской графики и протестовало против перспектив объединения с Румынией. Народный фронт завоевал большинство мест в избранном в 1990 г. новом Верховном Совете Молдавии. Представители Приднестровья подвергались в нем остракизму и вскоре отказались от участия в его работе. На левом берегу стали создавать альтернативные органы власти.
В июне 1990 г. Верховный Совет Молдавии принял Декларацию о суверенитете, фактически означавшую выход из СССР, и Заключение по пакту Молотова – Риббентропа, объявлявшее Бессарабию и Северную Буковину незаконно оккупированными румынскими территориями. В Кишиневе шли массовые антикоммунистические и патриотические манифестации. В конце августа Верховный Совет Молдавии, несмотря на всеобщую забастовку протеста в Приднестровье, принял законы о языке. В ответ 2 сентября 1990 г. была провозглашена Приднестровская Молдавская Социалистическая Республика (с ноября – Приднестровская Молдавская Республика, ПМР), которую возглавил председатель ОСТК, в прошлом директор одного из тираспольских заводов Игорь Смирнов. Началась «война законов». Правительство Народного фронта послало «для восстановления порядка» на левый берег Днестра полицейских и добровольцев, ОСТК создал отряды самообороны. Появились первые жертвы. И в этом случае коммунистическая номенклатура была оттеснена с обеих сторон конфликта активными вождями национальных движений, сумевших разжечь страсти и повести за собой народ.
Коммунистическая администрация совершенно не представляла себе, как поступать с волеизъявлением этнических сообществ, обычном повсюду в мире. 70 лет единственным методом решения всех несанкционированных массовых выступлений было – подавить их вооруженной силой и выморить голодом. В условиях перестройки, демократизации и гласности старые эти методы явно не годились, а иные применять не умели. Кроме того, и сами участники межнациональных конфликтов, являясь воспитанниками советской системы, совершенно не умели идти на компромисс и старались добиться своего грубой силой, запугиваниями и жестокостью, как это практиковали коммунисты.
Столкнувшись с массовыми народными движениями, пока еще в рамках СССР слабыми и локальными, администрация Горбачева обнаружила полную растерянность и бессилие. И конфликты продолжали разрастаться. Вскоре к ним добавились столкновения осетин с ингушами, нового славянского населения Крыма с возвращающимися его коренными обитателями – татарами, выселенными Сталиным в Среднюю Азию в 1944 г. Авантюристы, часто из местной партийно-хозяйственной номенклатуры, попытались создать национальные движения против кого-то и за независимость (автономию) у многих народов и региональных групп от сибирских автономистов до сепаратистов талышского юга Азербайджана.