Брал на себя роль в составе испанских войск в битвах против французов, британцев и португальцев. Во время оккупации Испании Наполеоном командовал одним из партизанских подразделений. В Испании Сан-Мартин
вступил в потаенную «Ложу Лаутаро», нареченную например по имени индейского предводителя
в Чили, настойчиво сопротивлявшегося испанскому покорению. В 1814 году восставшие провинции Ла-Платы (нынешняя Аргентина) выбрали его командующим Северной армией (примерно 7 тыс. человек), во главе которой он совершил в 1817 году переход сквозь Анды в Чили и одержал сверкающие победынад
испанцами в сражениях при Чакабуко (февраль 1817 года) и Майпу (апрель 1818
года). Стоит отметить, собственно что Сан-Мартин, всякий раз равнодушныйв различие от Боливарак известности и почестям, отклонил предложенныйему пост президента Чили.
На этотпост былназначен его сподвижник чилиец Бернардо О'Хиггинс.
В 1820 году Сан-Мартин вступил в Перу, отогнал испанцев с побережья
и назначил свобода государства. Его