В связи с концентрацией флота разных пароходств в портах Кавказа и сужением района их деятельности, 26 июля 1942 года Совнарком СССР объединил все сохранившиеся транспортные суда Черноморского, Азовского, Сочинского пароходств и «Совтанкера» в единое Черноморско-Азовское бассейновое управление с местонахождением в Батуми.
Основным портом снабжения действующих на Приморском направлении армий, а затем основным портом эвакуации из Приазовья и Краснодарского края стал Новороссийск. Через этот порт морем в Поти и Батуми были эвакуированы многие предприятия Ростова, Краснодара, Ейска, Новороссийска, запасы зерна, цемента, металла, большое количество воинских грузов. В порту одновременно обрабатывалось 10-12 судов, а затем — 18-20.
Работа порта затруднялась систематическими налетами вражеской авиации, которые начались 29 апреля 1942 года. Особенно сильный удар по порту с воздуха противник нанес 2 июля, когда там сосредоточились боевые корабли и суда, прибывшие из Севастополя. Свыше 60 бомбардировщиков сбросили более 600 бомб. Были разрушены причалы, потоплены лидер эсминцев «Ташкент», эсминец «Бдительный», транспорты «Кубань», «Пролетарий», «Украина», повреждены многие корабли и суда.
С 23 августа, когда противник начал обстрел города и порта артиллерией, приступили к эвакуации, которая продолжалась до 6 сентября. Для вывоза грузов использовались любые плавсредства и даже поврежденные суда загружались эвакогрузами и буксировались в южные порты. С 1 августа по 6 сентября на морских судах было вывезено в Поти и Батуми 28 727 т . грузов, в том числе 13 452 т. воинских грузов, 7 994 т зерна, 3 045 т промышленного оборудования, 919 т. муки, 898 т. продовольствия, 143 т. хлопка и 1369 т. других грузов.
Не меньшее мужество проявили моряки, защищая Новороссийск. Осенью 1942 года наши войска отступили на юго-восточную окраину города. Но врагу так и не довелось использовать Новороссийский порт в качестве своей военно-морской базы — в него не вошел ни один фашистский корабль. Защитники города, занимавшие восточый берег Цемесской бухты, держали порт под постоянным огнем. Здесь, под Новороссийском, было остановлено продвижение немецких войск вдоль Черноморского побережья.
С сентября 1942 года, после эвакуации Новороссийска, основным прифронтовым портом стал Туапсе. Противник еще весной оценил значение Туапсинского порта, и его авиация уже с 23 марта 1942 года начала совершать на порт систематические, с интервалом в один-два дня, налеты. В августе, когда Туапсе стал местом пересечения двух встречных транспортных потоков, на порт было совершено 85 налетов, в которых участвовали 476 самолетов. Они сбросили 2542 бомбы, разрушили 7 причалов, 4 нефтебака, склады, водопровод, электросеть, телефон. На работу в порт пришли военные команды, добровольцы — женщины, школьники. Портовики днем отражали налеты авиации, тушили пожары, восстанавливали причалы, склады, а ночью выполняли погрузочно-разгрузочные работы. За август—сентябрь портом было отгружено и вывезено в более южные порты 39618 т. груза, в том числе 24136 т. нефтепродуктов, свыше 10 тыс. человек эвакуировано.
В то же время в Туапсе из портов Грузии прибывали суда с войсками, оружием, снабжением. В порт приходили транспорты «Азов», «Курск», «Березина», «Шахтер», «Калинин». Частично там происходила перегрузка воинского снабжения на малотоннажные суда («Адлер», «Интернационал», «Тракторист», «Райкомвод», «Рица», «Комиссар Фурманов»), которые направлялись в Геленджик (для 47-й армии) или в Джубгу (для 56-й армии).
Основным тыловым портом на Черном море стал Поти. Порт был переоборудован под перевозку войск и боевой техники. 16 июля 1942 года на Поти был совершен первый массированный налет авиации — 26 самолетов, которые сбросили 70 бомб, потопив шхуну и две баржи.
В ходе Туапсинской оборонительной операции с 25 сентября по 20 декабря 1942 года для усиления Черноморской группы войск из Поти и Сухуми в Туапсе были перевезены три стрелковые бригады, кавалерийская и горнострелковая дивизии, отдельные воинские части. Всего — 52 844 человека и 57 796 т. груза. Эти перевозки помогли отразить наступление противника.
