Башкирский государственный природный заповедник принадлежит к старейшим в Российской Федерации и является одним из первых семи по времени образования в России и вторым на Урале.
В сентябре 1929 года было принято решение «С целью охраны имеющих исключительно научный интерес памятников природы необходимо как для исследовательских работ, так и учебной производственной практики профессуры и студенчества педвуза, объявить заповедником Аргазинскую и Южно-Узянскую лесные дачи и устроить на территории естественно исторические и исследовательские станции
Утвержден и зарегистрирован Совнаркомом Башкирии Башкирский государственный природный заповедник как учреждение 11 сентября 1930 года с целью охраны имеющих исключительно научный интерес памятников природы в южно-лиственно-светлохвойной средне и низкогорной провинции зоны Южного Урала.
Заповедник имел республиканское подчинение и состоял из двух удалённых почти на 309 км участков.
Башкирский заповедник продолжал работать и в годы Великой Отечественной Войны. Защищая Родину, погибли лучше лесники – наблюдатели. Работа в заповеднике почти прекратилась. В соседних деревнях люди голодали и умирали из-за продовольственного снабжения, лесной охране было разрешено добывать зверей в заповеднике для своего пропитания. После войны началась трагедия не только для Башкирского заповедника, но и для других заповедников страны.
1951 году по указанию Сталина ряд заповедников страны, в том числе Башкирский были ликвидированы. Очень большой урон был нанесён природе заповеднику Южно-Узянском лесхозом,образованным на его территории.
1958 году, благодаря усилиям учёных, в первую очередь С.В. Кирикову, а также природоохранной общественности Башкирский заповедник был восстановлен. В том же году к Башкирскому заповеднику был присоединен Прибельский филиал. Перед филиалом была поставлена дополнительная задача – сохранение последнего прибежища неметизированной популяции диких башкирских пчёл. Прибельский филиал с площадью 22 531га существовал с 1958г по 1986года,когда был преобразован как самостоятельный заповедник «Шульган-Таш». Теперь на территории Бурзянского района функционирует два заповедника.