В 1812 году Москва едва не лишилась одного из своих символов: отступая из разграбленного города, Наполеон отдал приказ взорвать собор Василия Блаженного. Лишь по счастливой случайности и стечению обстоятельств варварский приказ не был выполнен.
Сразу же после Отечественной войны, 1812 года, Покровский собор , на радость москвичам, отремонтировали, а в 1817 году О. В. Бове, восстанавливавший выгоревшую столицу, укрепил подпорную стену храма со стороны Москва-реки и украсил ее чугунной оградой.
Революция застала собор в плачевном состоянии: у причта не было денег на его ремонт и содержание. События 1917 года тоже не принесли храму ничего доброго, во время обстрела Кремля сильно пострадал ближайший к нему Входоиерусалимский придел. Но уже в 1918 году Покровский собор был взят под государственную охрану, причём первым его смотрителем назначили — без оглядки на классовую чуждость — соборного же протоирея Иоанна Кузнецова. Первое время ему в одиночку приходилось бороться с сугробами на полу храма, которые наметало через разбитые окна.
В 1922 году из собора Василия Блаженного большевики конфисковали ценности — 50 золотников золота, 24 пуда и 10 фунтов серебра, не считая драгоценных камней (среди которых были 3 крупных бриллиантов). В 1923 году собор музеефицировали. Службы продолжались лишь в церкви Василия Блаженного, а в 1929 году закрыли и ее. Годом раньше, в 1928 году, собор передали в ведение Государственного Исторического музея.
Казалось бы, статус музея и архитектурного памятника должен был охранять Покровский собор от любых посягательств на него. Но нет: в 1930-е годы в « высших сферах власти» возникла идея (принадлежала она по всей видимости, Лазарю Кагановичу), что собор мешает прохождению демонстраций по Красной площади. К счастью до сноса памятника дело так и не дошло.
В статусе музея собор существует и по сей день. На протяжении всего XX века, за исключением Великой Отечественной войны, музей не закрывался. Реставрационные работы, способствовали освобождению памятника от некоторых позднейших наслоений. Сегодня собор имеет примерно такой вид, который был знаком москвичам конца XVI столетия. Единственное отличие имеют главы собора, привычную для москвичей окраску они приобрели в конце XVIII века.