Перечень бояр, присутствовавших на отпуске посла Михаила Гарабурды "в Набережной полате большой" 26 апреля 1586 года, и порядок их перечисления в посольских документах хорошо показывают расстановку сил в Думе. Открывал список, как и положено, князь Федор Иванович Мстиславский, вторым был назван князь Иван Петрович Шуйский, далее шли имена Дмитрия Ивановича Годунова и лишь четвертым по старшинству назван "боярин и конюший" Борис Федорович Годунов. Далее между именами братьев князей Андрея Ивановича и Дмитрия Ивановича Шуйских стояли имена других Годуновых, братьев Степана, Григория и Ивана Васильевичей. В верхней части списка оказались еще лояльные Годуновым князья Никита и Тимофей Романовичи Трубецкие. Федор Никитич Романов, только что похоронивший своего отца, оказался всего лишь на 11-м месте. Замыкали список бояр родственники и друзья Романовых ярославские князья Иван Васильевич Сицкий, Федор Дмитриевич Шестунов и Федор Михайлович Троекуров. В Думу входили также два окольничих, князь Борис Петрович Засекин и Андрей Петрович Клешнин.
В начале мая 1586 года в Москве произошло новое открытое волнение "мира", вызванное слухами о боярской вражде. Семена розни, брошенные послом Михаилом Гарабурдой, быстро дали свои всходы. Но и в Думе за то время, пока князь Иван Петрович Шуйский находился в Пскове, уже многое изменилось. Умер Никита Романович Юрьев, ушел в монастырь князь Иван Федорович Мстиславский, были устранены князья Воротынские и Головины, отправлены на воеводства князья Голицыны. Два года спустя после смерти Ивана Грозного в Боярской думе лишь один из оставшихся "регентов", князь Иван Петрович Шуйский, оказался лицом к лицу с Борисом Годуновым.
До нас дошел один из самых ранних памятников публицистики эпохи Смуты, созданный в связи с канонизацией царевича Дмитрия в начале царствования Василия Шуйского в 1606 году, - "Повесть, како отомсти всевидящее око Христос Борису Годунову пролитие неповинные крови новаго своего страстотерпца благовернаго царевича Дмитрея Углечскаго". Автор повести принадлежал к братии Троице-Сергиева монастыря (имя его, к сожалению, неизвестно). Он начинал перечень греховных дел Годунова именно с его столкновения с князьями Шуйскими, что будто бы явилось прологом к убийству царевича Дмитрия. Впрочем, даже этот враждебный по отношению к Годунову памятник не мог умолчать о том, что тот умел привлечь на свою сторону людей разными способами: "…сий Борис нача прелыцати многих от царские полаты приобщателей боляр и дворян, тако же и от властелей, и от гостей многих прелестию присвоил к себе, овех дарми преодолел, а иных прелщением, аки змий свистанием угрози". Достигнув такого почитания, Борис Годунов, по мнению автора повести, ополчился на князей Шуйских: "И, видя себе посреди царева синклита превышши всех почитаема, и нача славобесия дыхании обуреватися, и воздвиже ненависть на свою господию на князя Ивана Петровича Шуйского и на единокровных его братий". В дальнейшем в повести говорится о неком "всенародном собрании московских людей множества", которое готово было встать за князей Шуйских и расправиться с самим Борисом и его "сродницами". Тогда Годунов предложил подтвердить свой прежний союз с князьями Шуйскими: "и положиша веру со укреплением промеж собя, что имети любовь и доброта, яко ж де и преже". Не остановившись на этом, Борис Годунов убедил князя Ивана Петровича Шуйского выступить с "проповедью", обращенной к московскому "миру", "что им на Бориса нет гнева, ни мнения никоторого". Инцидент был улажен и мир восстановлен до тех пор, пока Годунов, по "Повести…", забыв все обещания, не расправился тайно с Шуйскими.
Рассказ "Повести, како отомсти…" совпадает в ряде деталей с тем, что известно о майских событиях 1586 года в Москве по другим источникам. В состав "Нового летописца" входит отдельная статья "О Шуйских и о митрополите Дионисие и о казни гостей и торговых людей". В ней Борис Годунов опять обвиняется во властолюбивом стремлении расправиться с князьями Шуйскими, которые "противляхусь и никако ему поддавахусь ни в чом". На стороне князей Шуйских выступили "гости же и всякие московские торговые люди черные". Поэтому в дело вмешался митрополит Дионисий. Ему автор летописи отводил роль третейского судьи, уговорившего бояр помириться друг с другом. А дальше в "Новом летописце" приведена яркая сцена, вероятно, записанная со слов какого-то свидетеля: "И изшедшу от митрополита и приидоша к палате Грановитой; туто же стояху торговые многие люди, князь же Иван Петрович Шуйской, идучи, возвести торговым людем, что они с Борисом Федоровичем помирилися и впредь враждовать не хотят меж себя. И выступя ис торговых людей два человека и рекоша им: "Помирилися вы есте нашими головами, а вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть, да и нам погинуть"". Все так и случилось: оба торговых человека были схвачены той же ночью и сосланы "неведомо куды". Казнен был известный московский гость Федор Ногай (по прозвищу Голубь; с этим прозвищем он выведен в трагедии А. К. Толстого "Царь Федор Иоаннович"), что позднее заставило Бориса Годунова быть крайне осторожным "с влиятельной верхушкой столичного купечества".
Однако те, кто наблюдал эту сцену со стороны, видели только "худой" мир князей Шуйских и Годуновых и знали только часть правды. Все упиралось в то, о чем ни князья Шуйские, ни поддержавший их митрополит Дионисий не заинтересованы были говорить публично. Официальной причиной последовавшей позднее опалы князей Шуйских стало обвинение в заговорщицких контактах с Речью Посполитой. Было ли оно надуманным, или князья Шуйские, как и другие русские аристократы, с сочувствием поглядывали на порядки соседнего государства? Князья Шуйские ранее были воеводами главных пограничных городов с Речью Посполитой (князь Иван Петрович - в Пскове, а князь Василий Иванович - в Смоленске). У них, конечно, имелись неформальные контакты с "державцами" соседних староств в Великом княжестве Литовском, что в обычной для пограничья системе повышенного контроля за контактами с иноземцами не могло укрыться ни от посольских дьяков, ни от Думы. В Польше и Литве у магнатерии было гораздо больше возможностей влиять на короля. Князья Шуйские, возможно, тоже стремились перенести хотя бы часть литовских порядков в московскую действительность.
Митрополит Дионисий не ограничивался одними миротворческими шагами пастыря, увещевавшего "сильных" в правлении бояр. В деле о приезде в Москву антиохийского патриарха Иоакима в июне 1586 года содержится любопытное свидетельство о возможном обращении московского митрополита Дионисия и бояр к брату цесаря Максимилиану. В свите патриарха Иоакима ехал гонец, который привез грамоту от одного из православных владык в Литве, адресованную московскому митрополиту Дионисию. Ее, конечно, прочли и немедленно отправили назад, не передавая адресату: "Да в той же грамоте писал к митрополиту непригожее дело о посылке митрополичьей и боярской к цесареву брату, будто слух их дошел, что ищут себе приязни с чюжими и з далекими народы, а мимо их короля". Это дело о якобы самостоятельной "ссылке" московских бояр и митрополита с братом австрийского императора эрцгерцогом Максимилианом представляется чрезвычайно запутанным. Послу М. Гарабурде уже были даны официальные заверения бояр, что они непричастны к такой посылке: "Нехто злодей, изменник всего хрестьянства такое злодейское слово затеял… и принес к панам-радам". Настойчивое обвинение московских бояр и митрополита в осуществлении самостоятельных контактов с эрцгерцогом несколько меняет устоявшиеся взгляды на то, что именно Борис Годунов и дьяк Андрей Щелкалов были инициаторами сближения с Империей.