Генеральным директором стал Аркадий Волож. Но история Яндекса началась задолго до этого события.

Так начинался "Яндекс"

В 2000 году акционерами CompTek — компании, создавшей и в течение долгого времени развивавшей проект Яndex, была учреждена компания "Яндекс". Компания ru-Net Holdings инвестировала 5 млн 280 тыс. долларов и получила в новой компании долю в 35,72 %. В число акционеров вошли также менеджмент и ведущие разработчики поисковой системы.

Десятью годами ранее в компании "Аркадия" начались разработки поискового программного обеспечения. Через два года были созданы две информационно-поисковые системы — Международная классификация изобретений, а также Классификатор товаров и услуг. Системы работали под DOS и позволяли проводить поиск, выбирая слова из заданного словаря с использованием стандартных логических операторов.

Еще через год "Аркадия" стала одним из подразделений компании CompTek и в течение двух последующих лет выполняла работы по усовершенствованию поисковых технологий. В сотрудничестве с лабораторией Ю. Д. Апресяна (Институт проблем передачи информации РАН) был разработан словарь, обеспечивающий поиск с учетом морфологии русского языка. Теперь пользователи могли задавать в запросе любые формы слов.

Эти разработки позволили создать "Библейский компьютерный справочник", справочник стандартов "Информ — Норматив", электронные научные издания "А. С. Грибоедов", "Пушкин. Электронный фонд русской классической литературы", словарь языка Грибоедова.

Следующим шагом стала разработка алгоритма построения гипотез, после чего морфологический разбор перестал быть привязанным к словарю — если какого-либо слова в словаре нет, то находятся наиболее похожие на него словарные слова, и по ним строится модель словоизменения.

Летом 1996 года руководство компании CompTek и разработчики поисковой системы пришли к выводу, что развитие самой технологии важнее и интереснее, чем создание прикладных продуктов на базе поиска. Исследования рынка показали своевременность и большие перспективы поисковых технологий.

Первая демонстрация продуктов серии Яndex (Яndex.Site, Яndex.Dict) была проведена на выставке Netcom'96 18 октября 1996 года. Первый из них обеспечивает поиск по своему сайту и установлен на сотнях серверов Рунета. Второй продукт, морфологическое расширение запроса, до сих пор используется для передачи запросов на AltaVista.

А уже 21 ноября была выполнена первая установка системы Яndex.Site на веб-сервере Издательского дома "Открытые системы". Это дало возможность искать информацию с учетом морфологии русского языка. И в том же ноябре всем пользователям была предоставлена бесплатная возможность русифицированного поиска необходимой информации с учетом морфологии русского языка с помощью поискового сервера AltaVista.

Еще через полгода появился Яndex.CD — поиск документов на CD-ROM, а затем Яndex.Lib — полнофункциональная библиотека Яndex для встраивания в различные приложения и базы данных. И наконец осенью 1997 года был открыт Yandex.Ru.

Основными нововведениями поисковой системы Yandex.Ru были проверка уникальности документа — этим достигалось исключение копий в различных кодировках, и отличительные свойства поискового алгоритма Yandex: поиск с учетом морфологии русского языка, с учетом расстояния и тщательно разработанный алгоритм оценки релевантности.

Оптимизация поискового алгоритма позволила реализовать проблему поиска по разным зонам текста, ограничение поиска на группу сайтов, поиск по ссылкам и изображениям. Также, впервые в Рунете, было введено понятие индекс цитирования — количество сайтов, ссылающихся на данный ресурс. Затем был открыт "Семейный Яндекс" с фильтрацией результатов поиска от мата и порнографии.

Название Яndex появилось в то время, когда будущий генеральный директор будущей компании Аркадий Волож и будущий директор по технологиям компании Илья Сегалович разрабатывали технологию поиска неструктурированной информации с учетом морфологии русского языка. Требовалось слово, отражающее суть новой технологии, которое бы хорошо звучало, легко писалось и запоминалось. Тогда на основе английского слова index был предложен вариант — yet another indexer ("еще один индексатор" или Языковой иНдекс). Кроме этого, Аркадий предложил букву "Я" в названии — специфически русскую — русской и оставить, для наглядности. Так появилось слово "Яndex"