Малайский архипелаг считается одним из старейших населенных районов мира. Останки прачеловека (питекантропа), обнаруженные на Яве, датируются 500 тыс. лет.
Острова были постоянно заселены ок. 3 000 до н. э. австронезийскими племенами. Однако организованная государственность появилась лишь в VI в. н. э. Тогда образовалось буддийское государство Шривиджая на Суматре и индуистское Матарам на Яве. В XIII-XVI веках господство над большинством островов архипелага приобрело Яванское королевство Маджапахит. Он ответил: m.in. набеги монголов в XIII в.
На протяжении всего периода заселения островов прибывало индийское население. Это со временем привело к вытеснению первоначальных верований индуизмом. Свидетельством этой культуры является m.in. искусство Бали и многие индуистские храмы на Яве. С VII в. все большую популярность начал приобретать буддизм, постепенно вытесняя индуизм.
Ситуация вновь изменилась с установлением торговых контактов с арабскими купцами. Они появились в XII веке, и с этого момента начался процесс исламизации страны. Мусульманская экспансия привела к падению королевства Маджапахит.
В XVI веке на индонезийские острова прибыло также много ищущих специй торговцев из Европы (в основном португальцев). В 1521 году сюда прибыл во время своего похода по миру Фердинанд Магеллан.
Основанная в XVII веке Ост-Индская компания способствовала значительному притоку на эти территории голландских купцов. Голландцы подчинили себе и колонизировали острова. Последние районы были колонизированы на рубеже XIX и XX веков, после подавления восстаний коренного населения на Бали, Суматре и Сулавеси.
С начала XX в. на островах развивалось национально-освободительное движение. В руках португальцев тогда оставалась только восточная часть острова Тимор. Ранее на короткий период (с 1811 по 1815 год) власть над архипелагом взяла на себя Великобритания. Однако он снова вернулся под голландское правление. Во время Второй мировой войны индонезийские острова