Особенно большой вред принесла странная неприязнь Хрущёва к чистым парам, важнейшей части научно обоснованного севооборота в большинстве зон страны. В 1953 году пары занимали в стране 15,8% пашни. В 1958 году доля паров сократилась до 10,9 %, а в 1962-м пары занимали только 3,3 % всей пашни [91] .
С 5 по 9 марта 1962 года в Москве проходил ещё один Пленум ЦК КПСС, посвящённый проблемам сельского хозяйства. «Мы должны, — заявил Хрущёв, — решительно увеличить производство сельскохозяйственной продукции в стране уже в 1962 году». Помимо указанных выше агрономических мероприятий Хрущёв предложил создать новую систему управления сельским хозяйством. Главным звеном управления до сих пор являлись райкомы и райисполкомы, которые занимались всеми аспектами сельской жизни, включая здравоохранение, образование, строительство дорог и жилья, работу почты и т. п. Хрущёв предлагал создать в деревне специализированные колхозно-совхозные управления, охватывающие территорию двух-трёх районов, со своим парторгом и газетой. Секретарям сельских райкомов предлагалось стать заместителями этого парторга. Аналогичные управления должны создаваться в масштабах области, республики. В масштабах СССР создавался Союзный комитет по сельскому хозяйству, председателем которого назначался Н. Г. Игнатов, недавний член Президиума ЦК КПСС.
Очень скоро выяснилось, что деятельность поспешно созданных колхозно-совхозных управлений дублирует работу райкомов и райисполкомов. Хрущёв предложил ликвидировать прежнюю систему районирования и создать укрупнённые районы на территориях, подведомственных колхозно-совхозным управлениям, что и было сделано летом 1962 года. Это не принесло пользы сельскому хозяйству. Новые районные центры, расположенные, как правило, в небольших городах областного подчинения, оказались слишком далёкими от большинства деревень и сел, а колхозно-совхозные управления стали лишь новым бюрократическим звеном в управлении селом, деятельность которых противоречила ранее принятым постановлениям о расширении прав и самостоятельности колхозов и совхозов в планировании своего хозяйства. В РСФСР и на Украине на каждый новый район приходилось в 2, 5 — 3 раза больше жителей, чем при прежнем районировании. Обслуживание населения ухудшилось, система местных путей сообщения не совпадала с системой управления. Получение простой справки в райсполкоме превращалось в проблему для миллионов сельских жителей. Усложнилась и система управления сельским хозяйством в масштабах всей страны, так как деятельность Союзного комитета по сельскому хозяйству дублировала работу уже существовавших ранее министерств, комитетов и управлений.
Новые проблемы возникли в стране по вопросу о ценах на мясо и молочные продукты. Хотя заготовительные цены повышались после 1953 года несколько раз, в ряде отраслей сельского хозяйства они все ещё плохо стимулировали развитие сельского хозяйства. Так, например, почти везде закупочные цены на мясо и молочные изделия не покрывали даже себестоимости этих продуктов. И чем больше колхоз или совхоз сдавал государству мяса или молока, тем большими оказывались убытки хозяйств, которые приходилось покрывать за счёт других отраслей. Учитывая это несоответствие, Хрущёв предложил увеличить закупочные цены на скот и птицу на 35 %, а на масло и сливки — на 5 — 10 %. Однако для компенсации новых бюджетных ассигнований было решено произвести повышение розничных цен на мясо на 30 %, на масло — на 25%, а также на различные виды мясных и молочных продуктов.
Повышение цен на товары первой необходимости не может рассчитывать на популярность. Из 45 миллиардов рублей, которые в 1961 году население израсходовало на продовольственные товары, 8 миллиардов рублей были потрачены на мясные и молочные изделия. Теперь эти расходы увеличивались на 2 миллиарда рублей.