Главной своей задачей Папа Климент VII видел ослабление влияния Габсбургов на Ватикан. Именно с этой целью была создана Коньякская лига, в которую вошли Франция, также желавшая ослабления Габсбургов, Флоренция, Венеция и Милан. Для закрепления альянса за сына короля Франции Генриха была выдана племянница Климента Екатерина Медичи.
Разграбление Рима стало вопросом времени, когда сошлись два фактора. Первый — опустела императорская казна Карла V, нечем было платить наёмникам. Второй — народное восстание против Медичи, вспыхнувшее во Флоренции в апреле 1527. В это самое время по Апеннинам бродило до 34 тысяч имперских наёмников — испанцы во главе с Шарлем де Бурбоном, немецкие ландскнехты во главе с Георгом фон Фрундсбергом, итальянские пехотинцы и отряды конницы под начальством Фердинандо Гонзага и принца Оранского.
В поисках лёгкой добычи имперцы неожиданно выдвинулись из Ареццо в сторону папской столицы — Рима. Внимание папы было занято событиями во Флоренции, и защитники города были немногочисленны — около 5000 ополченцев во главе с кондотьером Ренцо да Чери и швейцарская гвардия.
Императорская армия вместе с множеством примкнувших в ней разбойников со всей Италии осадила Рим 6 мая. Сложилась немыслимая доселе ситуация, когда христианское войско осадило город «наместника Христа на Земле».
Известно, что Мартин Лютер не одобрил разграбление Рима. Не доволен, по крайней мере внешне, был и император. Хотя, конечно, унижение папы усиливало его влияние в Европе.
Во время обстрела городских стен погиб бывший коннетабль Франции Шарль де Бурбон и в стане осаждавших воцарилась анархия. Как гласит легенда, роковой выстрел был сделан золотых дел мастером Бенвенуто Челлини. Имперцы ворвались в город и подвергли его такому разорению, какого он не видел со времён варварских нашествий.
Швейцарская гвардия была перебита на ступенях собора святого Петра (из 189 гвардейцев уцелело всего 42). Это событие овеяно легендами в истории Ватикана — до сих пор гвардейцы принимают присягу в роковой день 6 мая.
После казни защитников города началось повальное разграбление дворцов вельмож и кардиналов, известных своей близостью к понтифику. Проимперски настроенным римлянам пришлось откупаться от оккупантов золотом.
В начале июня к городу были стянуты силы, сохранившие верность папе. 6 июня Климент VII был выпущен из замка Святого Ангела, заплатив фантастический по тем временам выкуп в 400 тысяч дукатов. Кроме того, святейший престол отказывался от своих прав на Парму, Пьяченцу, Чивитавеккью и Модену.
Разграбление Рима стало переломным моментом в истории папства. За время заточения понтифика венецианцы заняли папские города Равенну и Червию, а Сиджизмондо Малатеста вернулся в Римини. Потребовалось несколько десятилетий на восстановление утраченных позиций в Италии, однако в Европе политический престиж Ватикана был подорван навсегда.
Через несколько лет от Рима отпала англиканская церковь, за которой последовало создание национальных церквей на севере Европы.