Название «коронавирус» происходит от латинского corona, что означает «венок», которое в свою очередь заимствовано из др.-греч. κορώνη korṓnē, «гирлянда, венок»[7][8]. Название было придумано Джуной Алмейдой и Дэвидом Тирреллом, которые первыми обнаружили и изучили человеческие коронавирусы[9]. Это слово впервые было использовано в печати в 1968 году неофициальной группой вирусологов в журнале Nature для обозначения нового семейства вирусов[10]. Название относится к характерному внешнему виду вирионов (инфекционная форма вируса) при электронной микроскопии, которые имеют бахрому из больших выпуклых выступов на поверхности, создающих изображение, напоминающее солнечную корону или гало[10][9]. Эта морфология создается пепломерами вирусных шипов, которые представляют собой белки на поверхности вируса[11].
Научное название Coronavirus было принято в качестве названия рода Международным комитетом по номенклатуре вирусов (позже переименованным в Международный комитет по таксономии вирусов) в 1971 году[12]. По мере увеличения числа новых видов род был разделен на четыре рода, а именно Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Deltacoronavirus и Gammacoronavirus в 2009 году[13]. Общее название коронавирус используется для обозначения любого члена подсемейства Orthocoronavirinae[14]. По состоянию на 2020 год официально признано 45 видов