Семена не полностью закрыты защитным органом, хотя и достаточно хорошо защищены (например, находятся под очень прочной чешуйкой шишки, как у сосны).
Хотя голосемянных значительно меньше видов, чем цветковых растений, они преобладают в некоторых холодных регионах (в горах или бореальных лесах) и составляют там значительную часть древостоя. Они разделяются на четыре класса.
Класс Хвойных (сосны, ели и т. д.) составляет большинство видов голосеменных (630), которые представлены деревьями или кустарниками и обладают способностью формировать шишки, состоящие из видоизменённых листочков, закрывающих половые клетки, а затем, после оплодотворения, семена.
Многие хвойные остаются зелёными в течение всего года: их листочки (часто уменьшенные до состояния чешуи или игл) живут несколько лет и опадают не одновременно; но некоторые, такие как европейская лиственница, желтеют осенью и сбрасывают свою хвою.
Голосемянные класса Саговниковые (90 видов, включая саговник) напоминают скорее пальмы, чем сосны. Они растут в субтропиках и обладают некоторыми чертами папоротников.
Класс Гингковых состоит из самой древней группы семенных растений (им около 270 миллионов лет).