Правильно – лОктем. Слово локоть пришло в современный русский язык из праславянского *olkъt, от которого произошли древнерусское локъть и старославянское лакъть. Это слово, в отличие от многих древних слов, в современном языке значит в точности то же, что и праславянский *olkъt. Единственное отличие в том, что раньше локтем также называлась единица измерения – соответственно, по длине локтевой кости и предплечья. Ошибка в выборе произношения объясняется тем, что ударение в русском языке подвижно. Это его свойство вы можете наблюдать при изменении одного слова, в разных формах которого ударение падает на разные слоги: нача́ть – на́чал, сирота́ – сиро́ты. Разумеется, разные формы влияют друг на друга и сбивают нас с толку.