Из-за смены династий и раскола в смутные времена на протяжении всей истории Древнего Египта было несколько разных столиц государства.
В додинастический период главным городом Древнего Нижнего Египта был Буто, расположившийся в Западной дельте реки Нил. Верхний Египет был разделен на несколько прото-государств, где самыми развитыми были Хиераконполис (на древнеегипетском именовавшийся Нехен), Омбос (или Нубет), Тинис (или Тджени). В течении раннего периода при объединении Верхнего Египта, первым фараоном Нармером, столицей был установлен Тинис, рядом с которым находился некрополь фараона в Умм-эль-Каабе. После объединения Верхнего Египта великим фараоном стал Нармер.
Позднее Тинис сменил Мемфис, располагавшийся в паре километров юго-восточнее Каира, недалеко от дельты Нила. Образованный задолго до объединения Египта, Мемфис стал его столицей в начале Второй династии: захоронения первых фараонов этой древней династии находятся в Саккаре. Вместе с тем, с Третьей династии и до конца Старого Царства и начала I промежуточного периода (Седьмая и Восьмая династии) Мемфис продолжал оставаться столицей древнего государства и на протяжении всей его истории являлся одним из главных городов. В самом начале этот город получил название Инэбоу-хэджоу, что переводилось как «Белые стены», предположительно из-за внешнего вида царского дворца. Позднее его переименовали в Мен-нефер, что означало «прочный» или «совершенный», из-за своего соседства с некрополем Пепи I в Саккаре, пирамида которого носила схожее название - Мен-нефер Мерире или Мен-нефер Пепи.
После раскола государства во время Первого промежуточного периода образовалось несколько небольших государств, у каждого из которых была своя столица: в Среднем Египте девятая и десятая династии основались в Гераклеополисе Магна (по-древнеегипетски Нен-несу), в Верхней Египте одиннадцатая династия основался в Фивах (или Уасет).
После повторного объединения Египта представителем одиннадцатой династии Монтухотепом II первой столицей соединенного государства стали Фивы. Позже Аменемхат I, ставший основателем двенадцатой династии, образовал новый город Аменемхат-Итджитауи или просто Итджитауи, располагавшийся восточнее первого захоронения этой династии в Лихте. Правление двенадцатой и тринадцатой династии по большей части связано с политической и экономической централизацией данного города.
Второй промежуточный период вновь разделил Древний Египет во время правления Тринадцатой династии. Изначально четырнадцатая династия зародилась в Западной дельте в Ксое (по-древнеегипетски Хасоу). Почти одновременно зародилась и пятнадцатая династия в Восточной дельте в Аварисе (или Hout Ouaret), именуемая Гиксос. Аварис был больше похож на типичный город для Сирии - Палестины. Фараоны тринадцатой династии, которая позднее стала Семнадцатой, обосновались в Фивах, которым вернули статус столицы. По некоторым данным столицей небольшой независимой территории стали и Абидос (по-древнеегипетски Абджоу).
После победу Семнадцатой династии, объединенное государство оставило столицу в Фивах. Фараоны следующей Восемнадцатой династии преобразовали главный город государства в значительный религиозный и административный центр, с которым мог конкурировать в течении всей истории Египта только Мемфис. Чтобы отойти от власти, дарованной жрецами храма Амона в Фивах, Эхнатон основал в Среднем Египте город Ахенатон. Однако, после его смерти, вновь созданный город был заброшен, а во время правления Тутанхамона столица Египта была перенесена в Мемфис.
Ввиду полученного влияния на Ближнем Востоке при правлении Сети I центр государства сместился на север. Наследники этого фараона возвели новый город в дельте реки Пи-Рамсес (по-древнеегипетски Пер-Рамесу), где обосновались фараоны Рамессиды. Вместе с тем, Фивы и Мемфис остались важными городами Египта, в том числе благодаря некрополям фараонов, расположенным недалеко от них.
При правлении Двадцать первой династии в государстве вновь сразу несколько городов соперничали в статусе столицы. В Третий промежуточный период столицей Египта стали Фивы, где находились фараоны - главные жрецы Великого храма Амона. В следствии засухи Пелусиакского рукава Нила на севере Пи-Рамсес фактически переместился на место Таниса (по-древнеегипестки Джанет), который и стал столицей во время правления двадцать первой, а потом и двадцать второй династии. Во время двадцать третьей династии, которая враждовала с представителями двадцать второй, столицей был выбран Леонтополис (или Тарема). Двадцать четвертая династия, противопоставлявшаяся двум предыдущим, избрала столицей Саис (по-древнеегипетски Сау). Объединить Египет удалось Кушитской династии (двадцать пятая), завоевав территории принадлежавшие кушитскому королевству, столицей которого была Напата, в настоящее время располагавшаяся на территории Судана.
После изгнания кушитов из Египта основалась двадцать шестая династия. Персы, пришедшие в Египет, дали начало двадцать седьмой династии. Позднее, когда государство восстановило свою независимость, следующие три династии сменяли друг друга и устанавливали свои столицы: двадцать восьмая - Саид; двадцать девятая - Мендес (или Джедет); тридцатая - Себеннитос (или Тьебнетьер).
Повторное завоевание Египта персами образовали новую тридцать первую династию. В период Птолемеев на территорию древнего государства пришел Александр Македонский, основавший Александрию в 331 году, которая стала последней столицей Древнего Египта на целых три столетия. В 30-е годы территорию завоевали римляне, что завершило существование Древнего Египта, как независимого государства.