После раскрутки ДНК топоизомеразой в работу включается хеликаза (9) (Рис.5), которая графически ученым представляется в таком виде.
В Википедии читаем:
“Хеликазы относят к классу “молекулярных машин”, поскольку они используют энергию гидролиза нуклеотидтрифосфатов (АТФ, ГТФ) для движения вдоль сахарофосфатного остова нуклеиновых кислот (ДНК, РНК, гибридов между ДНК и РНК) и разрыва внутри- или межмолекулярных водородных связей между основаниями”
Попытаемся понять, как этот конгломерат белков, и возможно кусков нуклеотидных молекул, может выполнять функции, которые им приписывают ученые.
1. Что или какая “машина” построила эту “молекулярную машину”? Это не ионы калия или натрия, которые смогут в готовом виде проникнуть в клетку. Для устройства хеликазы необходимо синтезировать определенное количество белков и затем их правильно собрать в третичную структуру, если белок один, или в четверичную структуру, если белков несколько, и потом эти структуры объединить в комплекс, называемый хеликазой. На каких элементах, и в каких местах все это происходит? Причем учтите, что это не просто набор молекул, а почти живой организм, который может двигаться, ощущать наличие определенных связей, умеет эти связи разорвать и, возможно, передать эти разорванные части белкам, которые разведут эти части.
2. Какой механизм движения хеликазы по сахарофосфатному остову? Возможно, она катится, как шестерня по зубчатой рейке? Тогда надо чтобы шаг зубьев рейки и хеликазы совпадали. Но расстояние зубьев в виде оснований на молекуле равно длине фосфата и сахара, а даже одна свернутая молекула белка всегда больше этого расстояния. В случае качения хеликазы по ДНК целесообразней было бы ей катиться по виткам молекулы, но витки уже убрала топоизомераза.
Как еще может двигаться хеликаза по ветви ДНК? Наверное, цепляться чем-то за что-то или чем-то отталкиваться от чего-то. На каждой аминокислоте есть своя R-группа, которая может за что-то цепляться, но это химическая реакция и ее следует ферментировать как при присоединении, так и при разрыве связи во время движения. Тогда уж лучше сразу ферментировать разрыв связи оснований, как это делает тепловой фотон.
А может быть, некие выступающие связи своими вращающимися электронными оболочками, соответствующих групп атомов хеликазы, взаимодействуют с оболочками некоторых групп атомов ДНК и в результате этого хеликаза движется по ветви молекулы? Это тоже маловероятно из-за неровности молекулы, тепловых возмущений, длительности пути и тому подобное.
В общем, ни шаги, ни колеса, ни гусеницы, ни винт, ни плавники, ни крылья, ни представляемое нами реактивное движение ничто как будь то не подходит для движения хеликазы по сахарофосфатному остову. Ученые по этому вопросу ничего не говорят, как будь то, в рот воды набрали. Движется и точка.
3. Каким образом хеликаза определяет, что перед ней связь аденина и тимина, а не связь гуанина и цитозина? Или это ей не нужно? Она просто чем-то захватывает два основания и силой разрывает между ними связи, да еще и раздвигает ветви. Если это не так, то необходимо катализировать разрыв связей. Необходим какой-то катализатор.
4. Откуда берутся связывающие белки (9) (Рис. 2)? Что их синтезирует? Как они попадают на требуемые узлы ветвей молекулы и в требуемое время? И как они удерживают ветви, если предполагается, что основания стремятся снова вступить в реакцию? Из-за своей массы, или своими вторыми концами за что-то цепляются?
По последним данным, как рассказывают умные люди хеликаза выполняет не только перечисленные выше функции, но и заменяет функции топоизомераз. Она, как полагают некоторые ученые, представляет собой кольцевую структуру, а не квадрат или куб, как представлено на рисунке. Это кольцо садится на одну из ветвей ДНК, силовым методом, может быть используя некие ферменты, разрывает связи между основаниями и силой раскручивает молекулу, здесь никакие ферменты уже не нужны.
К сожалению, на эти все вопросы, да и еще множество других, молекулярная теория ответить не может принципиально.
А с квантовых позиций все очевидно: разрыв оснований происходит под воздействием тепловых фотонов непосредственно или через некоторые органеллы.