Как уже было отмечено выше, завершающим этапом крестьянской реформы являлся перевод крестьян на выкуп, однако закон 19 февраля 1861 г. окончательного срока завершения такого перевода не устанавливал. В 9 губерниях Литвы, Белоруссии и Правобережной Украины (Виленской, Ковенской, Гродненской, Минской, Могилевкой, Витебской, Киевской, Подольской и Волынской) правительство указами 1 марта, 30 июля и 2 ноября 1863 г. сразу перевело крестьян на обязательный выкуп, а также сделало ряд существенных уступок: крестьянам были возвращены отрезанные от их наделов земли, а повинности снижены в среднем на 20%. Эти меры исходили из стремления царского правительства в условиях вспыхнувшего в январе 1863 г. восстания в Польше привлечь на свою сторону литовское, белорусское и украинское крестьянство в борьбе со шляхетским национально-освободительным движением и вместе с тем внести "успокоение" в крестьянскую среду.
Иначе дело обстояло в 36 великороссийских, малороссийских и новороссийских губерниях. Здесь перевод крестьян на выкуп занял более двух десятилетий. Лишь 28 декабря 1881 г. было издано "Положение", предусматривавшее перевод остававшихся еще на временно обязанном положении крестьян на обязательный выкуп начиная с 18 января 1883 г., и одновременно принят указ о снижении на 12% выкупных платежей с крестьян, ранее перешедших на выкуп. К 1881 г. временно обязанных крестьян по отношению ко всем бывшим помещичьим крестьянам оставалось всего 15% . Перевод их на выкуп был завершен к 1895 г. В итоге на 1 января 1895 г. на выкуп было переведено 9159 тыс. душ мужского пола крестьян в местностях с общинным землевладением и 110 тыс. домохозяев с подворным землевладением. Было заключено в общей сложности 124 тыс. выкупных сделок, из них 20% по обоюдному соглашению с помещиками, 50% - по одностороннему требованию помещиков и 30% - "правительственной мерой" - переводом на обязательный выкуп.
В основу выкупа была положена не реальная, рыночная цена земли, а феодальные повинности, т.е. крестьянам пришлось платить не только за наделы, но и за свою свободу - утрату помещиком крепостного труда. Размер выкупа за надел определялся путем так называемой "капитализации оброка". Суть ее заключалась в следующем. Годовой оброк приравнивался к 6% с капитала x (именно такой процент начислялся ежегодно по вкладам в банк). Таким образом, если крестьянин уплачивал оброк с 1 души мужского пола в размере 10 руб. в год, то выкупная сумма х составляла - 10 руб.: 6% x 100% = 166 руб.,67 коп.
Дело выкупа взяло на себя государство путем проведения выкупной операции. Для этого в 1861 г. было учреждено при Министерстве финансов Главное выкупное учреждение. Выкупная операция заключалась в том, что казна выплачивала помещикам сразу деньгами или ценными процентными бумагами 80% выкупной суммы, если крестьяне имения получали по норме высший надел, и 75%, если им предоставлялся надел менее высшего. Остальные 20-25% выкупной суммы (так называемый "дополнительный платеж") крестьяне выплачивали непосредственно помещику - сразу или в рассрочку, деньгами или отработками (по обоюдной договоренности). Выкупная сумма, уплачиваемая государством помещику, рассматривалась как предоставленная крестьянам "ссуда", которая потом взыскивалась с них в качестве "выкупного платежа" в размере 6% от этой "ссуды" ежегодно в течение 49 лет. Нетрудно определить, что за предстоящие почти полвека, на которые растягивались выкупные платежи, крестьяне должны были уплатить до 300% первоначальной выкупной суммы. Рыночная цена отведенной в надел крестьянам земли составляла в 1863-1872 гг. 648 млн. руб., а выкупная сумма за нее составила 867 млн. руб.
Проведение государством выкупа крестьянских наделов в централизованном порядке решало ряд важных социальных и экономических задач. Правительственный кредит обеспечивал помещикам гарантированную уплату выкупа и вместе с тем избавлял их от непосредственного столкновения с крестьянами. Одновременно решалась и проблема возврата казне помещичьего долга в размере 425 млн. руб., взятых помещиками под залог крепостных душ. Эти деньги были вычтены из выкупной суммы. Кроме того, выкуп оказался выгодной для государства операцией. По официальным статистическим данным, с 1862 по 1907 гг. (до момента отмены выкупных платежей) бывшие помещичьи крестьяне выплатили казне 1 540,6 млн. руб. (и еще оставались ей должны). Кроме того они уплатили в виде оброка самим помещикам за период своего временнообязанного положения 527 млн. руб.