Само существование этой базы не было подтверждено до 2013 года, когда ЦРУ было вынуждено ответить на запрос в соответствии с законом «О свободе информации» от 2005 года. Основываясь на исторических свидетельствах, можно предположить, что в Зоне 51 разрабатывают и тестируют экспериментальные самолёты и оружие. Общедоступные спутниковые снимки (например, Google Maps) не дают никакой информации. Даже тех, у кого есть разрешение на посещение Зоны 51, доставляют туда из Лас-Вегаса с помощью авиакомпании Janet, чьи самолёты не имеют опознавательных знаков.
Напряжённая секретность, окружающая Зону 51, породила слухи о том, что правительство использует её для размещения разбившихся НЛО и проведения лабораторных испытаний на инопланетянах. Другие теории о том, для чего используется Зона 51, включают в себя: исследования путешествий во времени и телепортации, встречи с инопланетянами, разработку средств для управления погодой и деятельность, связанную с теневым правительством.
Откуда берутся эти теории – такая же загадка, как и сама Зона 51, но одно несомненно: люди любят хорошие теории заговора. В какой-то момент конспирологи решили, что высадка на Луну в 1969 году была сфальсифицирована.