Водород является легковоспламеняющимся веществом, как и углеводородное топливо, используемое в автомобильной промышленности, например, бензин, дизельное топливо, сжиженный нефтяной газ или сжатый природный газ. Однако его физические свойства делают его более безопасным, чем другое топливо. Его температура самовоспламенения выше по сравнению с традиционными видами топлива. Бензин воспламеняется при 500 градусах Цельсия, дизельное топливо при 345, а водород при 575 С. В то же время водород в 14 раз легче воздуха, поэтому он очень быстро испаряется в атмосферу.
На безопасность водорода также влияет тот факт, что топливные компании уже имеют обширный опыт в распределении и заправке горючих газов LPG и CNG, используемых в домашних условиях и в автомобильной промышленности.
Toyota также позаботилась о безопасности Mirai, укрепив его конструкцию для защиты резервуаров с водородом. Пассажирский салон отделен от баков, поэтому в случае их (маловероятного) механического повреждения водород улету