Водород является легковоспламеняющимся веществом, как и углеводородное топливо, используемое в автомобильной промышленности, например, бензин, дизельное топливо, сжиженный нефтяной газ или сжатый природный газ. Однако его физические свойства делают его более безопасным, чем другое топливо. Его температура самовоспламенения выше по сравнению с традиционными видами топлива. Бензин воспламеняется при 500 градусах Цельсия, дизельное топливо при 345, а водород при 575 С. В то же время водород в 14 раз легче воздуха, поэтому он очень быстро испаряется в атмосферу. На безопасность водорода также влияет тот факт, что топливные компании уже имеют обширный опыт в распределении и заправке горючих газов LPG и CNG, используемых в домашних условиях и в автомобильной промышленности. Toyota также позаботилась о безопасности Mirai, укрепив его конструкцию для защиты резервуаров с водородом. Пассажирский салон отделен от баков, поэтому в случае их (маловероятного) механического повреждения водород улетучится в атмосферу по специально разработанным путям. Каждый компонент автомобиля прошел испытания немецким институтом TUV. Баки с водородом, специально разработанные Toyota, изготовлены из композитных материалов, очень герметичны и устойчивы к механическим повреждениям. Они способны выдерживать давление на 225% больше, чем давление водорода при максимальной зарядке. Они оснащены предохранительными клапанами, которые при необходимости останавливают попадание водорода внутрь. Водород горит намного безопаснее, чем углеводороды, такие как пропан или бензин. Он настолько легкий, что при воспламенении создает узкий столб огня вдали от салона. После воспламенения бензина в баке огонь часто охватывает почти всю машину и представляет угрозу для находящихся в ней людей.
