Однако в начале 1998 года двухпартийная комиссия экспертов под руководством бывшего (и будущего) министра обороны Дональда Рамсфельда получила от Конгресса США мандат на проведение глубокого исследования имеющейся в американском разведсообществе информации в плане оценки угрозы возможного ракетного нападения на США. В июле комиссия Рамсфельда доложила Конгрессу: "Угроза Соединенным Штатам со стороны… стран, стремящихся к созданию ракетного оружия, нарастает быстрее, чем это отражено в докладах и оценках разведсообщества". Комиссия пришла к выводу, что в течение пяти лет Северная Корея и Иран могут создать ракеты, способные достичь территории США, и, что самое неприятное, об этой угрозе США могут узнать с опозданием, или она вообще может возникнуть без предупреждения.
Самого доклада комиссии без каких-либо подтверждающих его событий было бы недостаточно, чтобы навязать администрации определенный курс действий. Республиканцы и демократы просто могли пойти по пути бесконечного обсуждения выводов различных аналитических документов. Но этим летом Иран осуществил первый пуск своей ракеты средней дельности "Шахаб-3", а в августе того же года Северная Корея попыталась запустить спутник. И хотя попытка запуска спутника окончилась неудачей, северокорейцы показали всему миру, что они создают трехступенчатую ракету "Тэйподонг I". Эта акция Северной Кореи, явившаяся неожиданностью для США, подтвердила предвидение комиссии Рамсфельда. В марте следующего года Сенат подавляющим большинством голосов принял закон, призывающий Соединенные Штаты в кратчайшие сроки, "насколько позволяет технология", развернуть оборонительную систему, способную защитить страну.
Теперь администрация Клинтона была вынуждена действовать сразу на нескольких площадках. Сохраняя убежденность в важности Договора по ПРО как основы стратегической стабильности для США и России, администрации необходимо было заручиться согласием России на развертывание ограниченной оборонительной системы от угроз, исходящих со стороны государств-изгоев. Русские были не склонны предоставлять США большую свободу действий, но если не возникнет внутриполитических препятствий, соглашение может быть достигнуто. Однако администрации надо было успокоить тех деятелей Конгресса, которые хотели добиться большего и тем самым затрудняли любые переговоры. И в довершение всего нужна была такая сделка, которую мог бы ратифицировать российский парламент.
Администрация начала серьезные переговоры с русскими летом 1998 года, и заместитель министра иностранных дел Мамедов предложил взять за точку отсчета беседы с Дэннисом Россом в 1992 году. Росса, который с начала 1993 года занимал в администрации Клинтона пост координатора по ближневосточному мирному процессу, вскоре потревожили его коллеги, занимавшиеся Россией. Он вспоминает: "Не успел я оглянуться, как мне трижды позвонили с вопросом, в чем заключались договоренности Мамедова-Росса. Я откопал эти бумаги и передал их тем, кого это интересовало. А потом Строуб стал их со мной обсуждать. Я объяснил ему, что времена изменились. В 1992 году перед нами были открыты большие возможности. В 1998 году реальность оказалась совершенно иной. Я сказал Строубу, что сосредоточился бы на вопросах сотрудничества, и напомнил ему об идее совместных центров раннего предупреждения по отслеживанию пусков ракет. Что могло быть лучше? Я считал это самым перспективным". К этому Тэлботт добавляет, что, прекратив в 1992 году переговоры и возобновив их в 1998 году, "мы заново изобрели колесо".
После того как в 1999 году был принят инициированный республиканцами закон, администрация попыталась восстановить свой контроль в этом вопросе, установив четыре критерия, которыми президент должен был руководствоваться в решении вопроса о строительстве системы противоракетной обороны. Советник по национальной безопасности Сэнди Бергер отмечал, что, по мнению юристов, Закон о противоракетной обороне "никак не связывал администрацию". Бергер пытался сбалансировать противоречивые требования за счет выработки критериев, которыми должен руководствоваться президент в решении вопроса о возможном развертывании систем обороны. Тэлботт отмечал: "Существовали две переменные: пройдет ли разрабатываемая технология соответствующие испытания и будет ли развертывание системы Национальной противоракетной обороны способствовать укреплению безопасности США, включая влияние этого шага на контроль над вооружениями".
По словам Бергера, администрация хотела довести до Конгресса следующую мысль: "Мы в принципе согласились с этим, но с некоторыми оговорками". Бергер добавляет: "Тут была стратегическая цель. Это был не только политический или просто циничный расчет. Предстояло сделать то, что я называю тройным выбором. Если нам удастся модифицировать Договор по ПРО, мы сможем создать ограниченную систему обороны, начать переговоры по СНВ-3 и направить на Капитолийский холм что-то такое, что будет иметь шансы на ратификацию. Так мы перейдем в наступление, а специалисты по контролю над вооружениями будут вынуждены обороняться. Это будет немалым достижением".
На встрече "восьмерки" в июле 1999 года в Кёльне, состоявшейся сразу же после войны в Косово, складывалось впечатление, что обе стороны двигались в направлении достижения компромисса, который будет предусматривать корректировку Договора по ПРО и одновременно сокращение вооружений в соответствии с предложениями по СНВ-3. Ельцин, похоже, был готов оставить Косово позади. Этому способствовало назначение на пост премьер-министра Сергея Степашина, который не разделял подозрительности Примакова в отношении американцев. В Кёльне Бергер триумфально заявил: "Обе страны снова занимаются делом", и добавил, что стороны планируют осенью обсудить СНВ-3 и модификацию Договора по ПРО. Ельцин объявил своим партнерам, что "после драки самое важное восстановить связи".
В середине августа Клинтон встретился со своими главными внешнеполитическими советниками для обсуждения их предложений относительно дальнейшей линии в вопросе противоракетной обороны. От группы с предложениями выступил Роберт Белл. На первом этапе предусматривалось развертывание к 2005 году на Аляске 20 противоракет, к 2007 году их численность должна была возрасти до 100. Планом также предусматривались строительство на западе Аляски нового радара, модернизация существующих радаров и запуск новых спутников. За этим должен последовать второй этап с размещением к 2010 году противоракет в Северной Дакоте, а также строительством новых радарных установок и запуском спутников для раннего обнаружения и предупреждения. Как отметил Белл, у США было от шести до девяти месяцев, чтобы достигнуть с Россией договоренности в отношении Договора по ПРО. И хотя все понимали, что для того, чтобы подсластить пилюлю России, Америка должна будет пойти на дальнейшее сокращение наступательных вооружений, в администрации были разногласия относительно того, на какие сокращения могут пойти Соединенные Штаты, сохраняя мощный потенциал сдерживания. Клинтон был удивлен абсурдностью утверждений о том, что сдерживание обеспечивалось на уровне 2500 боезарядов, но не могло быть обеспечено на уровне 1500 боеголовок, что также являлось внушительным арсеналом. Он понял: чтобы достичь соглашения по ПРО, придется сначала договориться по вопросу сокращения вооружений.
В середине октября 1999 года Тэлботт стал предлагать Мамедову новые темы для обсуждения. Он предложил России помощь в завершении строительства противоракетного радара в Мишелёвке под Иркутском, доступ к сведениям раннего предупреждения, более широкий обмен разведывательной информацией в отношении ракетной угрозы со стороны государств-изгоев и возможность сотрудничества в области спутниковых систем. В самой американской администрации Тэлботт говорил, что США должны предложить России уровень вооружений в 1500-2000 единиц вместо 2000-2500, о котором два президента договорились в Хельсинки в марте 1997 года. Спустя два месяца командующий Стратегическими ракетными войсками генерал-полковник Владимир Яковлев даже заявил: "Есть шанс, что России удастся достичь соглашения с Соединенными Штатами о модификации Договора по ПРО". Оптимизм в отношении возможности заключения сделки нарастал.
Однако через две недели после высказывания Яковлева Ельцин оставил пост президента. Клинтон попытался быстро установить взаимопонимание с его преемником Владимиром Путиным, чтобы сохранить динамику процесса. В январе американские представители передали русским коллегам проект протокола модификации Договора по ПРО, в котором, в частности, предусматривалась отмена ограничений, предусмотренных статьей 1 договора, что позволяло США развернуть систему на Аляске.