За 95 лет мумию исследовали с помощью самых разных методов, и за это время каких только теорий не было выдвинуто учёными по вопросам, как выглядел фараон при жизни, на ком он был женат и почему умер.Тутанхамон взошёл на трон в девятилетнем возрасте в 1332 году до нашей эры и правил до 1323 года до нашей эры. Просканировав мумию и проведя сотни исследований, учёные смогли воссоздать его портрет: Тутанхамон выглядел женоподобно — имел толстые бёдра и подобие молочных желёз. Кроме того, у него была косолапость и врождённый вывих одной стопы. Из-за последнего он был вынужден ходить с палочкой.
Результаты генетической экспертизы мумии показали, что династия, в которой родился Тутанхамон, правила Египтом 155 лет. Учёные подтвердили, что отцом Тутанхамона был Эхнатон, а вот матерью оказалась не "одна из жён", а сестра Эхнатона. Возможно, близкие родственные связи отца и матери и привели к тому, что Тутанхамон страдал генетическими заболеваниями.Исследователи сделали также вывод, что велика вероятность смерти Тутанхамона от малярии. Фараон и так обладал весьма слабым здоровьем, а это заболевание подорвало его окончательно.
Помимо версии о болезни, приведшей к смерти, британские учёные при помощи трёхмерной компьютерной модели мумии выяснили, что по левой стороне тела фараона проехало колесо боевой колесницы. От полученных травм Тутанхамон и погиб на месте.
Третьей версии — об убийстве — придерживался профессор Ливерпульского университета Рональд Харрисон. Он сделал около 50 рентгеновских снимков головы мумии фараона. На снимках отчётливо видно, что кости черепа необычно утончены в области уха. Это давало основания полагать, что именно в это место был нанесён один или даже несколько ударов. Профессор Харрисон воздержался от однозначных выводов, однако комиссия анатомов высказалась в поддержку версии о насильственной смерти.
Учёные предположили, что Тутанхамон действительно получил удар по виску каким-то тупым предметом. Возможно, он лишь оглушил его. Тогда последовал второй удар, роковой для фараона. Впрочем, другие исследователи утверждали, что удар был нанесён уже после смерти Тутанхамона.
В гробнице Тутанхамона были найдены два человеческих эмбриона. В 2008 году учёные под руководством специалистов из Манчестерского университета провели их исследование. По их мнению, с большой вероятностью можно говорить о том, что эмбрионы женского пола являются детьми фараона. Эмбрионы имеют разный размер. Длина первой мумии составляет 30 см, что соответствует эмбриону на пятом месяце развития, второй — 38,5 см (восемь месяцев внутриутробного развития). Несмотря на различие в размере, учёные предположили, что оба эмбриона могли вынашиваться во время одной беременности и были близнецами. Анализ ДНК показал, что, скорее всего, Тутанхамон был их отцом.