Книга начинается с того, что бывший министр магии Фадж посещает министра магглов, представляет нового главу магического общества – Руфуса Скримджера. Как и в маггловском обществе, так и в магическом происходит много убийств и пропаж людей. Волан-де-Морт перешел в наступление.
В это время Северуса Снегга посещает Нарцисса Мафлой и Беллатриса Лестрейндж. Нарцисса просит Северуса заключить с ней Непреложный Обет, в случае невыполнения которого Снегг умрет. Таков закон. Миссис Мафлой просит помочь ее сыну Драко в секретном деле.
Гарри Поттера от Дурслеев забирает сам Дамблдор и они направляются в дом к профессору Слизнорту, чтобы уговорить его стать профессором зельеварения в Хогвартсе. В итоге он соглашается, и Дамблдор отвозит Гарри в дом к Уизли.
Следующее действие происходит в Косом переулке, когда все Уизли, Гермиона и Гарри идут покупать учебники. Там друзья видят Драко Малфоя, который идет в магазин темной магии и договаривается о чем-то с продавцом. Гарри предполагает, что Малфой стал Пожирателем Смерти и следует указу Лорда.
В поезде Гарри следит за Драко, но тот его замечает. В поезде происходит небольшая дуэль, где Малфой обездвиживает Гарри, ломает ему нос и накрывает мантией-невидимкой. Однако юношу находит Тонкс и помогает ему вернуться в Хогвартс.
Начинаются школьные будни. На уроке зельеварения Гарри находит книгу Принца-полукровки. Кто этот загадочный персонаж – не понятно.
Дамблдор начинает давать Гарри индивидуальные уроки, которые заключаются в изучении биографии Темного Лорда. В это же время Гарри продолжает следить за Малфоем, который уже успел натворить много дел: проклял Кэти Белл, чуть не отравил Рона. Хотя все это было направлено на то, чтобы покончить с директором школы. Гарри догадывается, что Малфой точно затеял какуй-то темный план.
Альбус Дамблдор объясняет Гарри про крестражи. И юноша должен любым способом выудить информацию о них у Слизнорта, который когда-то учил Тома Реддла. Гарри успешно справляется с этой задачей. Оказывается, Реддл создал несколько крестражей. И несколько из них уже уничтожено. Дамблдор занимается поиском другого и уже нашел, но путь к нему очень опасен. Так, они направляется в пещеру, где их ожидают страшные испытания, Дамблдор чуть не погибает из-за отравленного зелья. Но, крестраж добыт! Юноша и директор возвращаются в школу. Дамблдор посылает Гарри за Северусом. Вдруг раздаются крики, на башню прибегает Мафлой и наставляет палочку на Дамблдора. У него приказ: убить. Несколько минут разговора, и Драко уже хотел перейти на сторону Ордена, но тут появляются Пожиратели Смерти и Северус. Дамблдор произносит лишь 3 слова «Северус, прошу тебя». На что Снегг отвечает двумя страшными словами «Авада Кедавра». Директор школы Хогвартс убит. Снегг и Пожиратели бегут. Гарри за ними. Происходит дуэль между молодым волшебником и бывшим зельеваром, в результате которой Гарри узнает, что Принц-полукровка это Северус Снегг.
На похоронах Альбуса Дамблдора присутствовала вся школа.
Через пару дней Гарри узнает, что крестраж – подделка и говорит, что смерть директора была напрасной. Юноша собирается продолжить дело своего покровителя и на следующий год не возвращается в школу чародейства и волшебства Хогвартс.