Книга начинается с того, что Гарри, после Турнира Трех Волшебников, вернулся на Тисовую улицу. Каждый день он внимательно слушает маггловские новости. Он ждет хотя бы маленькую зацепку, которая расскажет миру о том, что Лорд Волан-де-Морт вернулся.
Дядя Вернон выгоняет Гарри на улицу, чтобы тот не мозолил глаза. Юноша направляется на детскую площадку, где видит двоюродного брата Дадли с его бандой, которые завидели Гарри и идут к нему. Дадли начинает издеваться над Поттером, впрочем, ничего необычного. Гарри даже старается не обращать на это внимания и парирует колкие высказывания братца. Вдруг на улице резко темнеет, налетает ветер, становится жутко холодно. Все ребята разбежались, Гарри с Дадли направились домой. В темном переулке на юношей нападают дементоры. Но Дадли их не видит, так как магглы на это не способны. Гарри с помощью патронуса отгоняет страшных существ и доводит брата до дома, где дядя Вернон жутко злится на Гарри и грозится выгнать на улицу.
Прилетает сова из Министерства Магии и приносит письмо, которое гласит, что Гарри Поттер исключен из Хогвартса за использование магии в присутствии маггла. Тут же прилетает другая сова с письмом от Артура Уизли, где говорится, что Дамблдор договорился с министром и назначен суд по делу Гарри.
Дурсли уезжают в больницу. В это время в дом вламываются мракоборцы и берут Гарри с собой в дом его крестного Сириуса на площадь Гримо 12. Оказывается, это штаб-квартира Ордена феникса, специальной организации по борьбе с Темным Лордом. Люди Ордена рассказывают Гарри некоторую информацию: Волан-де-Морт ищет какое-то оружие.
Вскоре, Гарри идет на суд, его сопровождает мистер Уизли. На слушании присутствует сам министр магии, отвратительная женщина Долорес Амбридж и другие судьи. В итоге, по показаниям Дамблдора Гарри оправдывают, и он возвращается в школу.
Нового учителя защиты от сил зла звали Долорес Амбридж. Это та самая министерская женщина. Она устроила «сладкую жизнь ребятам и преподавателям: издавала новые указы, выжила Хагрида и Дамблдора из школы, применяла запретные наказания на учениках. Так, Гарри, крикнув на ее уроке, что Лорд вернулся, был наказан: писал на лсите бумаги своей кровью «Я не должен лгать».
Ученики решили создать отряд, который будет сам обучаться защите. Предводителем выбрали Гарри и назвали отряд «Отряд Дамблдора».
На зимних каникулах Гарри приснился сон, будто он змея, которая нападает на мистера Уизли, дежурившего в Отделе Тайн. Это оказался вещий сон. Артура еле-еле спасли магические врачи. Гарри начали обучать окклуменции, чтобы Лорд больше не смог проникнуть в его сознание.
Школьники продолжали занятия в Отряде, но в один момент их выдала подруга Чжоу Чанг Мариэтта, ребят раскрыли и наказали.
Во время сдачи СОВ, Гарри опять пришло видение, будто Сириуса схватил Волан-де-Морт и пытает. Юноша, не раздумывая, полетел в министерство со своими друзьями, где, как оказалось, не было Сириуса. Это была ловушка. На друзей напали Пожиратели Смерти. В этот момент они пережили страшные испытания, особенно Гарри: на его глазах был убит Сириус.
Гарри хочет отомстить, но тут появляется сам Лорд и Дамблдор. Между ними происходит дуэль. Далее темный волшебник вселяется в Гарри, но юноша не поддается.
Все возвращаются в Хогвартс.