В 1896-1908 годах рядом с Петропавловским собором была выстроена Великокняжеская усыпальница для погребения лиц императорской фамилии. К тому времени большинство из представителей четы Романовых были захоронены в самом Петропавловском соборе. Но потом появились слухи о том, что тел царского семейства там уже давно нет. Так куда же они делись? И кому это могло быть надо?
Во времена Петра I место для погребения лиц царской фамилии ещё не было определено. Первой в Петропавловском соборе в 1715 году была захоронена двухлетняя дочь Петра и Екатерины Наталья, чуть позже пол колокольней упокоилась супруга царевича Алексея Шарлотта, там же в 1718 году оказался и сам Алексей Петрович.
После смерти Петра I гроб с его телом был помещён во временной часовне внутри строившегося собора.
Постепенно все больше и больше Романовых оказывались погребены в Петропавловском соборе и рядом с ним.
В дальнейшем в усыпальнице были похоронены все императоры и императрицы до Александра III включительно, за исключением умершего в Москве и похороненного в Архангельском соборе Петра II и убитого в Шлиссельбурге в 1764 Ивана VI, место захоронения последнего не известно до сих пор.
В 1831 император Николай I повелел похоронить в соборе своего брата Константина Павловича. С этого времени в соборе стали погребать близких родственников императоров. После постройки в 1908 году рядом с собором Великокняжеской усыпальницы некоторые из этих захоронений были перенесены туда.
В 1865 году все надгробия были заменены однотипными беломраморными саркофагами с бронзовыми позолоченными крестами. Императорские саркофаги украшены двуглавыми орлами.
В 1988 году в Екатерининском приделе, в юго-западной части собора, преданы земле останки, принадлежащие императору Николаю II, императрице Александре Фёдоровне, великим княжнам Татьяне, Ольге и Анастасии, убитых в Екатеринбурге в 1918 году, а также 4 членов их свиты. Мария Николаевна и Алексей Николаевич остаются непогребенными.
В 2006 году в храме перезахоронили мать Николая II, Марию Федоровну, которая скончалась в Дании в 1928 году.
Так откуда же взялась версия о пустых гробах членов царской семьи?
Прах Александры Георгиевны в 1939 году был перенесён в Грецию, надгробие над пустой гробницей осталось в соборе.
Во время Советской власти надписи на надгробиях Великокняжеской усыпальницы были в основном утрачены. Отсюда и пошла легенда, будто останки погребённых в ней были извлечены, свалены в одну кучу и сожжены на паперти Петропавловского собора.
Надо заметить, что у этой версии есть свои поклонники, в качестве аргументов они приводят знаменитую легенду о могиле Александра I, которая якобы была вскрыта в 20-х годах прошлого века и оказалась пуста. По преданию, Александр I не хотел быть похороненным рядом с Павлом I, к смерти которого он имел косвенное отношение как участник заговора 1801 года. Согласно одной из гипотез, тело Александра I было похоронено его верным сподвижником Аракчеевым в поселке Грузино - такова была последняя воля императора. Проверить эту гипотезу невозможно, поскольку во время Второй мировой войны место предполагаемого захоронения было уничтожено. Есть и другая версия, по которой Александр I сам объявил себя умершим и скитался по России под именем старца Федора Кузьмича. Кстати, могила этого старца сохранилась где-то в Сибири, и на ней, по рассказам местных жителей, тоже время от времени происходят чудеса.
Только недавно во время плановых реставрационных работ эта версия была опровергнута.
Однако любителям тайн и мистификаций, среди которых встречаются и историки, такие аргументы не по нраву, они продолжают утверждать, что гробы пусты, а вскрыть все из них пока никто не решается.