Продолжение истории сталкера Одиночки, миссией которого стало отключение комплекса Колодец. Однако, в подземельях Госпиталя главный герой сталкивается с довольно опасным и не предсказуемым противником, обладающим паранормальными способностями.
Прохождение модификации Гибернация Зла 3 имеет черты детективного расследования, где главному герою постоянно необходимо решать головоломки и даже незначительная мелочь, найденный документ или предмет в рюкзаке, может сыграть решающую роль.
Новые локации, запутанная сюжетная история, новые персонажи, мутанты, интересные геймплейные решения и сюжетные катсцены ждут игрока при прохождении мода.
Действие сюжета мода берет свое начало осенью 2016 года в Технокапище, где главный герой Одиночка возвращается со станции, дабы поведать обитателям Зоны о структуре Невидимых наблюдателей. О тех, кому ведом каждый шаг, каждый выстрел сталкера - всё, что происходит в Зоне.
После провалившейся попытки отключения комплекса «Колодец», который стягивает энергию из разлома в Ноосфере, главный герой решает отправиться на озеро Янтарное и посоветоваться на этот счёт с профессором Гудвин. Попав в подземелье, он сталкивается с диггером, обладающим паранормальными способностями. Пристрелив его, продолжает свой путь, однако, смерть - это ещё не конец...
В моде представлены следующие локации: Мертвые Топи, Госпиталь, несколько подземных локаций (под госпиталем, подземелья Агропрома), Озеро Янтарное.