Габриэль родился 17 марта 1865 года в знатной семье. Он рано потерял отца, участника Январского восстания. Бремя его воспитания взяла на себя мать, образованная женщина, которая сильно повлияла на взгляды юного Габриэля.
После окончания гимназии в Латвии, Нарутович начал учёбу на физико-математическом факультете Санкт-Петербургского университета, но был вынужден прекратить обучение из-за болезни. Он провел много лет в Швейцарии, где учился в Политехническом университете Цюриха.
Во время учебы он помогал полякам, преследуемым царским режимом, а также был связан с партией «Пролетариат» в изгнании. Это помешало ему вернуться в страну, поскольку российские власти выдали ордер на его арест. Вернулся на Родину только после обретения Польшей независимости.
На выборах 1922 года одержал победу, став первым президентом независимой Польши. Сразу после избрания Нарутовича против него была начала компания, обвинявшая его в атеизме и принадлежности к масонству.
Габриэль Нарутович был приведен к присяге в качестве президента 11 декабря 1922 года. В день приведения к присяге демонстранты попытались силой остановить присягу Нарутовича, заблокировав улицы, ведущие к зданию парламента.
В первые дни после приведения к присяге Нарутович встретился с представителями христианских демократов и кардиналом Александром Каковским. Он считался с невозможностью назначить правительство большинства в сейме, поэтому и предпринял попытку создать внепарламентское правительство.
Однако реализовать задуманное ему не удалось - через несколько дней после вступления в должность, 16 декабря 1922 года, во время открытия выставки в варшавской галерее Zachęta, Габриэль Нарутович был застрелен фанатичным художником Элигиушем Невядомским. На суде Невядомский полностью признает свою вину и потребует для себя смертной казни, к которой его в конечном итоге приговорят и приведут в исполнение 31 января 1923 года.