Японская исполинская саламандра по внешнему виду напоминает другой вид — , и отличается лишь расположением бугорков на голове. Общая длина взрослых саламандр составляет от 30 до 150 см с длиной тела от 20 до 90 см. Средняя длина животных в природе 60—70 см. Масса половозрелых животных составляет от 1,5 до 35 кг. Самая крупная особь, найденная в дикой природе, весила 26,3 кг при длине 136 см
Тело саламандры имеет уплощённую форму и окрашено в тёмные коричневые, бурые и чёрные тона. Голова крупная и широкая, глаза широко расставлены. Жабры исчезают после достижения саламандрой половой зрелости. Хвост сжат с боков. Конечности короткие и толстые. На передних лапах по четыре пальца, на задних — по пять.
Саламандры отличаются плохим зрением, для определения положения в пространстве и положения других объектов они полагаются на другие органы чувств. Обмен веществ саламандр замедленный, они могут неделями обходиться без пищи.
В основном, ведёт водный образ жизни, где охотится и происходит размножение, при этом весьма комфортно чувствует себя и на суше, хоть и перемещается значительно медленнее, чем в воде. Дыхание в основном кожное. Активна в сумерках и ночью. Предпочитает холодные, быстротечные горные ручьи и реки.Питается рыбой и мелкими земноводными, ракообразными и насекомыми. Охота выглядит как всасывание и, как правило, пища не пережёвывается, а переваривается уже внутри
Самка откладывает яйца в вырытой под берегом на глубине 1—3 м норе. Число яиц — несколько сотен, диаметр яйца — 6—7 мм
Самец оберегает икру, хвостом создавая ток воды для улучшения аэрирования кладки. Инкубационный период при температуре 12—13°С длится 60—70 суток. Длина новорожденных личинок около 30 мм