Считается, что родина кофе - Эфиопия, регион Каффа. Доподлинно неизвестно, но, вероятно, имя именно этого региона дало начало слову قهوة (qahwa, арабский язык). Оттуда слово попало в английски язык (coffee). Ну а из английского оно попало к нам вместе с самим продуктом в 1724 году. Изначально на Руси его называли "кофий". Несложно догадаться, что это слово было мужского рода. Со временем язык преобразовывался. Кофий превратился в кофе, а род остался прежним.
Хотя по современным правилам русского языка оба варианты верны. На этом у меня всё, спасибо!