Как бы мы не меняли свою жизнь, она изменяется не без последствий. Наш выбор может переменить и чью-то судьбу, но не всегда в необходимую для нас сторону. Нередко, наши решения становятся финалом чьей то жизни, а может и кто-то другой переменит вашу участь. Вы никогда не думали, о том какой вы человек? Хороший или плохой, как это осознавать и с какой стороны посмотреть? Может вы в целом хороший, но для кого то уже настоящее зло. Или же вы стали неплохим, но раньше делали поступки, которые вы не сумеете позабыть и после этого вас нельзя охарактеризовать как хорошего человека. Так и с нашей историей, о принце Персии и его тёмной стороне, что всегда таилась в недрах его души. Отправляла разум молодого героя, но никогда не могла толком взять верх до определённого момента. Добро пожаловать на канал большой бум и сейчас мы перенесёмся назад в прошлое и вспомним такую замечательную историю как принц Персии: два трона.
Пески времени перемещают нас в события, которые предстают после второй части. На корабле, где нас встречают Принц и Кайлина. Дорога наших любовников ведет в родной город Принца — Вавилон. По пути он смотрит на медальон, оставленный ему Фарой ещё с первой части и, которым он пользовался в своём путешествии на острове времени. Понимая, что все войны теперь кончились, а его настиг покой, то к чему держаться за последнюю вещь из прошлого. Тем более, что это прошлое уже совсем не существует. Оно стерто раз и навсегда, после решений и выборов, что принял Принц. Он аннулировал прошлое, которое с ним произошло, но стало ли от того легче. Принц скидывает медальон в морскую бездну, а оправдывает себя тем, что все кончено и впереди новое светлое будущее. Но цена постоянно есть и в этом случае стало его обиталище. Вавилон встречает принца в огне и воплями жителей. На их корабль летят горящие ядра и стрелы. Принц терпит кораблекрушение и вцепившись за обломки добирается до берега. Кайлина в руках недругов и ускользает из поля зрения принца. Наш протагонист несётся выручать девушку и схватив по дороге обыкновенный нож, проявляет новые способности в скрытности и холодного расчёта.
А именно скрытое убийство для максимально быстрого устранения врага. Когда принц замахивается ножом в тело неприятеля, необходимо выждать момент и кликнуть, когда острие кинжал станет сверкать синим. Таким образом мы пробираемся по трущобам и дворам Вавилона к самому дворцу. Попутно мы слушаем монолог принца о его жизни. О том как ранее на улочках играли дети, а торговцы оживленно кричали что-то продавая тот или иной предмет людям. Все погибли, а улицы опустели. Враг вторгся в самое сердце великого города и стремительно разделался с его обитателями.
Зачем им Кайлина? Принц сломя голову мчался к цели и гадал о том как это все прекратить. В его душе появились нотки кровожадного убийцы, а переживания омрачили рассудок. Принц добегает до дворца, где уже привязанная императрица времени ожидала своего часа. Персонаж вбегает в обстановку и выпрыгивает с ножом на неприятелей, но его атаку останавливают, сковывая руку цепью и отбрасывая к стенке. В беспомощном и болезненном состоянии принц рассматривает врага и узнает в нем Визира. Да, это тот самый Визирь из дворца Махараджи, которого он победил дважды, но тот совершенно не помнит тех моментов и является вовсе живым, а не убиенным самим принцем. Сама суть в том, что принц отменил те события, а песок в песочных часах не появлялся. Тогда когда Махараджи нашли песочные часы и обнаружили, что в них нет песка времени, Визирь убивает Махараджи и берет власть над всем в свои руки. Изучив все письмена и построив план, тот готовит армию в нападении на Вавилон. Визирь знал, что если песок времени находиться в самой императрице, а значит при помощи кинжал времени он сможет его высвободить. Визирь пронзает тело Кайлины и та тает и рассыпается в песок времени, поражая при этом всех, кто находится рядом без защиты, как и в первой части игры. На этот раз принц сам без необходимых атрибутов защиты от песка и попадает под их воздействие.
Та цепь, что сковывала принца, намертво врезается в руку героя, на которой проявляется диковинный светящийся узор. Визирь же пронизывает себя кинжалом времени, который впитал в себя пески времени и становится богоподобным существом и швыряет орудие от себя прочь.
Принц в прыжке успевает схватить кинжал и спускается при помощи его с обрушенной скалы. Принц убегает по разрушающемся дворцу и, когда доходит до точки, где огромная дыра в полу двора. Рука у него начинает неистово болеть, от чего тот не понимая срывается в пропасть.
В беспомощном и болезненном состоянии принц рассматривает врага и узнает в нем Визира. Да, это тот самый Визирь из дворца Махараджи, которого он победил дважды, но тот совершенно не помнит тех моментов и является вовсе живым, а не убиенным самим принцем. Сама суть в том, что принц отменил те события, а песок в песочных часах не появлялся. Тогда когда Махараджи нашли песочные часы и обнаружили, что в них нет песка времени, Визирь убивает Махараджи и берет власть над всем в свои руки. Изучив все письмена и построив план, тот готовит армию в нападении на Вавилон. Визирь знал, что если песок времени находиться в самой императрице, а значит при помощи кинжал времени он сможет его высвободить. Визирь пронзает тело Кайлины и та тает и рассыпается в песок времени, поражая при этом всех, кто находится рядом без защиты, как и в первой части игры. На этот раз принц сам без необходимых атрибутов защиты от песка и попадает под их воздействие. Та цепь, что сковывала принца, намертво врезается в руку героя, на которой проявляется причудливый светящийся узор. Визирь же пронзает себя кинжалом времени, который вобрал в себя пески времени и становится богоподобным существом и отшвыривает орудие от себя прочь. Принц в прыжке успевает схватить кинжал и спускается при помощи его с обрушенной скалы. Принц убегает по разрушающемся дворцу и, когда доходит до точки, где огромная дыра в полу двора. Рука у него начинает неистово болеть, от чего тот не понимая срывается в пропасть.
Теперь Кайлина начинает повествование от лица рассказчика, а принц валяется на мокром полу подземелий. Его пробуждает голос из головы. Тот не осознавая, что происходит. На него тотчас набрасываются чудища. Голос помогает принцу советом по тактике боя и то, что те страшатся света. Продвигаясь по подземельям, снова настигнет сильная боль в руке.
Наш герой перевоплощается в песчаного монстра. Его кожа чёрная и словно расплавлена. По телу расходятся узоры из сияющих песков времени. Глаза горят ярко-жёлтым огнём, а волосы стали похожи на пламя. Оружием становиться та самая цепь, что обвивает его руку. В таком виде принц разделывается с противниками, а голос в голове принялся исходить все сильнее. Впрочем принц начинает понемногу терять силы и умер бы, если бы не забирал в подпитку песок времени из чудищ. Возвращает его в человеческое состояние вода. Принц хочет пробудить в себе гнев и ярость, а особенно жажду мести. Теперь его цель — это убийство богоподобного Визиря, а голос его только поощрял в этом. Принц понимает саму суть этой проблемы. Голос этот, некто Инной как он сам. Если точнее его самая гнилая и кровожадная часть личности. Он понимает, что цель его должна быть спасение его народа. Но согласившись с тёмным собой о том, что убив Визиря он прекратит и страдание народа.
Далее по пути ему помогает неизвестный тем, что прибивает его врагов из стрел к стене. Позже он узнает, что этот доброжелатель(или верней доброжелательница) его старая знакомая Фара.
Но та так же не узнает его, потому как всего, что помнит принц с ней не было. Она явилась остановить Визиря, что предал её народ и узурпировал трон. Принц предлагает свою помощь, так как у них общая цель и общий враг, что важно. По пути следования принц вновь встречает врагов, что изменились из-за песков и побеждая их идёт дальше по пути мести. Меняя обличия, принц все ещё движется по тёмной дороге, но в момент, когда фара выбирает спасти как модно больше людей, а не идти на прямую к Визирю, наш герой сворачивает с пути тьмы и выбирает спасение народа. На этот ход тёмный принц реагирует слишком отрицательно и обвиняет принца в его слабости из-за девчонки. Позднее принц все же предстаёт перед Фарой в своём тёмном образе, а та ругает его и убегает, считая, что он всего лишь обманщик и слуга Визиря. Тёмное Альтер эго подначивает героя в том, что ему нужно всего лишь месть, а Фара мешает ему достичь её. Принц спасает всех людей, которые застряли в гигантском амбаре путем пролома деревянной двери статуей. Люди благодарны герою и в его лице признают, что это их принц персии. Армия врага наступает и казалось бы на этот раз все, но народ, что спас герой идёт на них в бой. Принц уходит, но ему ещё предстоит противостояние со своим тёмным эго. Превратившись в тёмного принца, тот оскорбляет его и называет мягким и глупым. Он говорит, что знает какой принц на самом деле, тот какой он был на острове времени. Непобедимый, жаждущий крови войн и это его настоящее. Но мы не соглашается с теневой копией героя, а здоровье все падает, воды, что перевоплотит нашего героя нигде нет. На последних силах мы добираемся до тела, которое лежит среди комнаты освещенное тусклым светом. Пред нами предстаёт умертвленный отец принца. Принц падает на колени и жалеет о случившемся. Понимая, что ничего не изменить, как бы он не боролся со своей судьбой.. А после судьба покарает за слишком смелое вмешательство. Тёмный продолжает указывать на то, что принц не безупречен и если бы он послушал самого себя, то уже бы победил Визиря и его отец может быть бы ещё жив, а народ мог пожертвовать свою жизнь и на наименьшее.
Но наш принц находит в себе силы и изгоняет из себя тёмного принца, перевоплощаясь без помощи воды к удивлению второго. Попутно мы берём меч отца и следуем уже к завершению правления зла раз и навсегда. Между тем нас снова встречает Фара и признается в том, что была не права. Она говорит, что видела как принц спас много людей от неминуемой смерти и только хороший человек мог так поступить. Принц утверждает, что больше этот монстр в темном обличии не появится. Кстати его отношение впредь совершенно переменилось и тот беспрестанно посмеивается над принцем и говорит о его никчёмности.
Принц пробирается до самой высокой позиции на башне Вавилона и ввязывается в битву со своим стародавним противником Визирем. Он периодически отталкивается от созданных препятствий богоподобного существа, а когда доберется к самому верхнему из обломков, выпрыгивает на своего врага. Последняя крутая сценка и кинжал времени вспыхивает синим, а принц со всей силы пронизывает гнилое сердце своего врага. Победа. Вавилон свободен ото всех песчаных захватчиков. На полу лежит корона, но чья то нога прерывает его.
Подняв свой взгляд на неприятеля, мы видим темную фигуру в капюшоне, которая вытаскивает свою цепь и изрекает нам - "Все что твоё — моё по праву". Мы попадаем в чертоги рассудка принца, где боремся с самим собой. Принц движется вперед через всё, что его гнетет и борется с душевной болью. Здесь всё, что он ненавидит в себе, а темная сторона подначивает и говорит, что на самом деле он убийца и должен принять это как должное. Перед нами появляются копии темного принца с которыми мы боремся и казалось бы это доказывает правоту нашего Альтер эго, но вдруг мы слышим голос Фары. Принцесса призывает принца остановиться и говорит, что тот не такой на самом деле как он думает. Фара стоит вверх по лестнице и зовет к свету. Принц игнорирует другого и сквозь врагов из обличия темного принца бежит к свету, а сзади слышит испуганный крик темного принца. Тот умоляет одуматься и говорит, чтоб тот не бросал его здесь.
Так, всё заканчивается. Принц победил даже самого себя, а цепь, что на мертво вошла в руку — отпадает и наш герой свободен от проклятия. Из-за тьмы восходит яркое солнце. Фара под впечатлением задает вопрос, о том кто же он всё-таки такой? Здесь принц начинает свою прекрасную историю, которую мы все уже знаем и видели. Начинает он свой рассказ с самого начала. С того момента как он бежит ко дворцу Махараджи и скоро откроет пески времени, а значит принц решил всё рассказать фаре об их встрече. Таким образом настает конец истории и рождается новая, но уже не рассказанная для нас.