Высадившись на станцию "Цербера", передовой отряд начинает прокладывать путь к сердцу станции. На пути будут встречаться войска Призрака, включающие все боевые единицы организации, в том числе адъютантов.
Попутно капитан узнает, что симптомы, схожие с одурманиванием мучили главу организации уже не один десяток лет. В консоли также содержится информация о событиях на Шаньси и Палавене, контакте с Сареном и его братом, а также создании подставной фирмы "Кор-Хислоп".
Пройдя далее, отряд попадает в большое техническое помещение, где между балконами висят не только фрагменты человеко-жнеца, но и капсулы Коллекционеров, а также несколько устройств Жнецов.
В этом же помещении Шепарда атакуют специальные войска "Цербера": фантомы, каратели и (если Легион был отдан "Церберу") Легион-ассасин. Пройдя далее, отряд находит еще одну консоль, содержащую сведения о деятельности компании "Кор-Хислоп" и сотрудничестве с "Терра Фирмой". В качестве одной из операций указывается курирование одаренного биотика Джиллиан Грейсон, попытка ее выкрасть и дезертирство Джон Грейсона из организации.
Пробившись через очередных защитников станции, капитан находит еще одну запись: отчет об операции "Возмездие", состоявшей в захвате и последующей ликвидации Грейсона. Среди прочих имен упоминаются Кай Ленг, Кали Сандерс и Андерсон. Следующая запись содержит уже отчеты об экспериментах над Грейсоном.
Четвертая консоль, расположенная в лаборатории, содержит информацию о нападении на Призрака банды биотиков, в которых состояла Джиллиан. Запись гласит, что девушка была убита в ходе налета.
Наконец, уже рядом с кабинетом Призрака находится консоль с записью, где Призрак сетует на то, что с каждым днем голоса в голове все больше ему докучают, что ему уже являлись призраки Евы Кор и Бена Хислопа. Глава "Цербера" также сообщает, что Шепард прервал сотрудничество, поэтому нужно искать новый путь.
Найдя Призрака в его кабинете с множеством вживленных имплантов, капитан обличает его и убивает. Далее концовка зависит от решений в ходе игры.
Плохая концовка (красная)
Если в ходе игры был причинен значительный ущерб другим расам (уничтожен храм азари, монастырь ардат-якши, кроганы повторно заражены генофагом), то Шепард решит и дальше бороться за превосходство людей, став новым главой "Цербера", но будет убит одним из спутников (по убыванию приоритетности: Эшли\Кайден, Джеймс, Гаррус, Лиара).
Заключительная сцена:
Голос Андерсона: "У нас не было ни единого шанса выжить в этой бойне. Жнецы победили нас изнутри. Расу за расой, планету за планетой. Предатели распускали целые армии, отключали защитные системы, облегчая Жнецам продвижение. Но чтобы настолько глубоко? Герой, победивший Властелина и Коллекционеров. Тот, кто контактировал с протеанским маяком и лично видел их конец, предал нас, перейдя на сторону раскольников. Предатель был убит, но это ничего не изменило. Если кто-нибудь смотрит эту запись, значит наступил новый цикл. Не повторяйте наших ошибок"
Нейтральная концовка (серая)
Если в течение игры капитан принимал неоднозначные решения, то капитан разочаруется в Альянсе, имевшим контакты с "Цербером" и пиратами Терминуса. После захвата с ним свяжется Майа Брукс и предложит вступить в организацию. Шепард примет предложение.
Заключительная сцена:
Голос Шепарда: "Альянс погряз в бюрократии, политике и запутался в сомнительных связях. В эти черные дни Человечеству как никогда нужны солдаты. Воины, ставящие себя вне политики. Мне предложили присоединиться к воинству, где находятся солдаты, выброшенные этими двуличными политиканами. Я не знаю, сможем ли мы отстоять человечество, но мы будем сражаться. Воевать с кошмарными порождениями чуждого разума, пока хватает сил".
Хорошая концовка (синяя)
Если Шепард причинил незначительный ущерб другим расам или же не причинил вовсе, то на станции Альянс организует временное убежище для выживших со всей галактики.
Заключительная сцена:
Голос Хакета: Нас почти всех истребили. Жнецы - огромные живые корабли, обладающие чуждым разумом. Нам удалось собрать всех выживших на бывшей станции "Цербера". Наши миры полностью разрушены, но сообща мы сможем продержаться еще какое-то время, пока Жнецы не настигнут нас. Как никогда нам нужны знания всех рас галактики, чтобы выжить. Это поможет нам выиграть у смерти как можно больше времени.
Хакет, конец связи"