Маркус Перссон родился 1 июня 1979, в Стокгольме, Швеция. Первые семь лет жил в Эдсбюне, а потом переехал с родителями в Стокгольм. Начал программировать в 7 лет на домашнем компьютере Commodore 128, а в 8 создал свою первую игру. Четыре с половиной года проработал в King.com разработчиком игр. Также участвовал в разработке jAlbum и Wurm Online. В мае 2009 года основал компанию Mojang Specifications.
Успех Minecraft сделал Перссона миллионером — так, за один 2012 год он получил по лицензионным отчислениям от продаж Minecraft 640 миллионов шведских крон (около 100 миллионов долларов. Согласно оставленному Перссоном комментарию на интернет-форуме Reddit в начале 2013 года, он не знает, как относиться к своему богатству: он вырос в относительно бедной семье, но, как только вырос и нашёл себе достойную работу, перестал в чём-либо нуждаться. Основными хобби Маркуса являются программирование и компьютерные игры, и ему не на что тратить деньги, кроме как на путешествия. Он высказывал намерение потратить большую часть своего состояния на благотворительность.
15 сентября 2014 Маркус Перссон продал Minecraft корпорации Microsoft за 2,5 миллиарда долларов США. После он ушёл из команды Mojang.