Внутренние дела государства занимали Софью более всего, тогда как дела внешние целиком лежали на ее "канцлере", как называли князя Голицына иноземные послы и резиденты. И если дипломатия была поприщем почти одного Голицына, то в делах внутренних правительница опиралась на Федора Леонтьевича Шакловитого.
В годы правления Софьи наибольшим успехом русской внешней политики следует считать заключение "вечного мира" с Речью Посполитой.
"Вечный мир" был подписан в Москве 6 мая 1686 года. С польским послами Гжимултовским и Огийским по-латыни и по-польски беседовал сам Василий Васильевич. Тридцать три статьи договора согласовали довольно быстро, положив в основание Андрусовское перемирие 1667 года, по коему к России навсегда переходила Левобережная Украина с Киевом, Запорожье, Северская земля с Черниговом и Стародубом, а также и Смоленск с окрестностями.
Правда , за Киев поляки выторговали компенсацию в 146 тысяч рублей и потребовали , чтобы Россия вошла в антитурецкую лигу, образованную Речью Посполитой, Священной Римской империей и Венецией.
Борьба с османами и Крымским ханством была на руку и Голицыну, и потому и эта "препозиция" с готовностью была им воспринята.
Что же относиться до политики восточной, то здесь нельзя не упомянуть о "Нерчинском договоре", подписанном 27 августа 1689 года между Московским государством и Цинской Маньчжурской империей. Это был первый договор в истории взаимоотношений России и Китая. Его подписывали у стен осажденного маньчжурами Нерчинска боярин Федор Алексеевич Головин и мандарин Сонготу.
Головин вынужден был отказаться от обширного Албазинского воеводства в пользу империи Цин, но все другие статьи однозначно трактовать было невозможно, ибо названия рек и гор по русским картам , где они были писаны по-латыни, и по маньчжурским картам, где писаны они были китайскими иероглифами, толмачи согласовать не смогли.
Итак, во всех этих и других важнейших государственных делах главные роли сыграли сторонники Софьи и её фавориты - Василий Васильевич Голицын и Федор Леонтьевич Шакловитый.
В одном из интереснейших источников того времени-"Гистории о царе Петре Алексеевиче", написанной его сподвижником, хорошо осведомленным о семейных делах династии, князем Борисом Ивановичем Куракиным, и рассказывающей о событиях 1682-1694 годов,- немалое место отводиться царевне Софье и двум её фаворитам - Голицыну и Шакловитому .
Первое упоминание о Голицыне относиться к тому времени , когда Софья отправилась с верными ей войсками в Троице- Сергиеву лавру.
"И тогда же она, царевна Софья Алексеевна, - писал Куракин,- по своей особой инклинации ("склонности", лат.) к амуру князя Василия
Васильевича Голицына назначила дворцовым воеводою войском командировать и учинила его первым министром и судьею Посольского приказу, которой вошел в ту милость через амурные интриги. И почел быть фаворитом и первым министром , и был своею персоною изрядный , и ума великого , и любим ото всех".
И сразу же после этого Куракин упоминает и другого фаворита Софьи, правда будущего,думного дьяка Федора Леонтьевича Шакловитого, поставленного царевной после казн Хованских во главе Стрелецкого приказа.
Возвратившись из Троице-Сергиева монастыря в Москву, Софья стала участвовать во всех дворцовых и церковных церемониалах наравне с официально провозглашенными царями Иваном и Петром.