Кодекс получил название в честь небольшого городка Рохонци (ныне Рехниц, Австрия) на бывшей территории Королевства Венгрия, где он хранился в составе библиотеки венгерского графа Густава Баттьяни.
В 1838 году граф передал свою библиотеку в дар Венгерской академии наук, где рукопись впервые привлекла к себе внимание учёных и любителей.
Ранняя история рукописи неизвестна, в частности, нет никаких сведений о том, как она попала в библиотеку графа. Известно, что обширная библиотека семьи Баттьяни подвергалась неоднократной частичной инвентаризации, однако в документах не найдено записей, которые можно убедительно соотнести с рукописью. Возможное указание на кодекс содержится в записи 1743 года библиотеки Баттьяни, где упоминается книга «Венгерские молитвы, том 1, формат 12» (венг. Magyar imádságok, volumen I. in 12). Предполагаемое религиозное содержание кодекса и его размер согласуются с этой записью, но книги подобного формата были распространены в то время, так что это может быть лишь случайным совпадением.
Над расшифровкой манускрипта в XIX веке бились отец и сын Иречеки, Михай Мункачи, лучшие филологи Восточной Европы. Высказывались мнения о том, что кодекс написан на языке даков, шумеров либо других древних народов, но они не получили поддержки в научном сообществе.
28 мая 2018 журнал «Криптология» опубликовал статью Левенте Золтана Кирая (Levente Zoltán Király), специалиста по компьютерным наукам Будапештского университета и Университета им. Гаспара Кароли Реформатской церкви Венгрии, написанную им совместно с Габором Токай (Gábor Tokai) — специалистом по археологии и истории искусств Венгерской национальной галереи, под названием «Cracking the Сode of the Rohonc Codex» («Взлом кода Кодекса Рохонци»).
Это первая публикация из планируемых авторами нескольких статей, посвященных детальному описанию содержания, поиска и применения кодов для дешифровки манускрипта.
Профессиональное сообщество криптологов признало предложенный авторами вариант дешифровки наиболее интересным среди всех имеющихся на сегодняшний день По мнению Кирая и Токай, кодекс написан на искусственном языке и содержит пересказ Библии и некоторых апокрифических историй