Софья между тем, выжидала, с каждым днем накапливая силы, шедшие к ней со всех сторон. Стрельцы знали об этом и стали просить патриарха послать в Троицу архимандрита Чудова монастыря Адриана, чтобы звать на Москву Софью и её братьев, дабы принести им повинную. Софья , дождавшись Адриана, потребовала, чтобы в Троицу прибыли выборные по двадцать человек от каждого полка.
Стрельцы покорно выполнили её волю и, явившись в Троицу, пали ниц перед царевной. Вычитав им суровое нравоучение, Софья велела, чтобы каждый полк подал повинную челобитную с поименным общим рукоприкладством. После того выборных отпустили в Москву. С помощью патриахра такая повинная была составлена и подписана всеми стрельцами.
Софья с братьями и всем царским семейством возвратилась в Москву, въехала в Кремль как победительница, тотчас же заменив стрелецкие караулы дворянами и прочими верными ей служилыми людьми.
Начальником Стрелецкого приказа стал Шакловитый, начав свое управление казнью пяти заводчиков новой смуты и разослав по окраинам несколько десятков самых заядлых гилевщиков.
Так , почти бескровно, положила Софья Александровна конец великой смуте и с этой поры семь лет управляла Россией от имени двоих своих братьев.