Если ИФНС вынесла решение, с которым вы не согласны, то можно его обжаловать. Однако, сразу обратиться в суд нельзя: надо начать с досудебной подачи жалобы через свою инспекцию.
Апелляционная жалоба на решение по проверке подается в течение месяца со дня его получения. Пока УФНС ее рассматривает, решение в силу не вступает и требование об уплате доначисленных при проверке сумм, не выставляется.
На вступившее в силу решение, можно подать жалобу в течение года со дня его принятия. Решение, принятое без проведения проверки, можно обжаловать в течение года со дня его вручения. Это касается решений о приостановлении операций по счету, отказе в возврате переплаты, привлечении к ответственности за непредставление документов по требованию. Решение по жалобе УФНС вынесет в течение 3 рабочих дней после принятия. Если оно вас не устроит, то можно обратиться в суд.