Инженеры КБ «Малахит» сформировали облик и разработали ряд технических предложений по многоцелевой миниатюрной атомной субмарине «Горгона». Кроме того, аналогичные работы специалисты «Малахита» провели по подлодке «Сервал», оснащенной неатомной ВНЭУ. Впрочем, технические детали по проектам новых подлодок, по вполне понятным причинам, на настоящее время не раскрываются.
Ранее на «Малахите» была разработана подлодка пр.865 «Пиранья», которых даже построили две единицы. Эти субмарины могли бороться с одиночными боевыми кораблями, устанавливать мины, проводить разведку, а также осуществлять доставку и высадку небольших групп боевых пловцов. Однако, обе подлодки типа «Пиранья» к 1999 году покинули состав российского ВМФ.
Также конструкторы «Малахита» разрабатывали проект модифицированного варианта «Пираньи», получившей индекс «Пиранья-Т» с пятикратно увеличенным боезапасом. А немного позднее разработанный проект подлодок П-550 стал еще более крупным – по сравнению с ПЛ «Пиранья» субмарины П-550 увеличились в длине до порядка 45 метров, а также получили возможность погружаться на глубину до внушительных 300 метров и способны нести ракеты различной номенклатуры.