История Главного управления советской контрразведки "СМЕРШ" начинается 19 апреля 1943, по личному указу И.В. Сталина вывели армейские Особые отделы из подчинения НКВД и создали на их базе новую спецслужбу - СМЕРШ, поставив во главе ее Виктора Абакумова.
Главными противниками "СМЕРШ" в его контрразведывательной деятельности были немецкая служба разведки и контрразведки Абвер (Abwehr), полевая жандармерия (Feldgendarmerie), Главное управление имперской безопасности (РСХА), а также финская, японская и румынская военные разведки.
На передовой смершевцы были призваны препятствовать переходу через линию фронта вражеских агентов. В ведение особистов "СМЕРШ" входило также выявление случаев дезертирства и осознанного членовредительства, перехода советских военнослужащих на сторону противника.
В зоне боевых действий накануне наступательных операций органы "СМЕРШ" прочесывали военные гарнизоны, населенные пункты с прилегающими к ним лесными массивами, производили осмотр заброшенных и нежилых помещений с целью обнаружения возможных диверсантов и дезертиров.
С 1943 года до окончания войны центральным аппаратом ГУКР "СМЕРШ" и его фронтовыми управлениями было проведено 186 радиоигр, во время которых разведчики, выходя в эфир с захваченных радиостанций, дезинформировали противника. В ходе этих операций было выявлено и арестовано свыше 400 агентов и официальных сотрудников немецко‑фашистских разведывательных органов, захвачено десятки тонн грузов. Сотрудники "СМЕРШ" вели контрразведывательную работу на стороне противника, вербовались в школы Абвера и другие спецорганы гитлеровской Германии. В результате военные контрразведчики получали возможность заблаговременно выявлять планы противника и действовать на опережение.
Особую роль советские разведчики сыграли в срыве летом 1943 года немецкой наступательной операции "Цитадель", получив и переправив в Центр данные о развертывании крупных танковых сил противника в районе Орла, Курска и Белгорода.
В современной истории деятельность подразделения военной контрразведки "СМЕРШ" оценивается неоднозначно. Однако общепризнанным итогом существования ГУКР "СМЕРШ" стало полное поражение разведок Германии, Японии, Румынии и Финляндии во Второй мировой войне.
В мае 1946 года в рамках общей реформы, проходившей в наркоматах госбезопасности и внутренних дел, органы контрразведки "СМЕРШ" были реорганизованы в особые отделы и переданы в ведение вновь созданного министерства государственной безопасности (МГБ) СССР.