Он был старшим сыном пятого сиккэна сёгуната Камакура и фактического правителя Японии. Токимунэ с самого рождения был признан главой клана Ходзё и готовился стать преемником отца. В 1268 г. в возрасте 18 лет он стал сиккэном. К моменту своей смерти по неизвестной причине после болезни в 34 года Токимунэ полностью перестроил Японию.
Сразу же после принятия титула сиккэна Токимунэ пришлось разбираться с национальным кризисом. Монгольский император Китая, Хубилай-хан, прислал послов и потребовал, чтобы Япония платила монголам дань, а если откажется, то монголы её завоюют. Несмотря на то, что многие в японском правительстве, в том числе и члены императорской семьи, уговаривали его пойти на компромисс, он отверг требование монгола и отправил его эмиссаров восвояси.
За следующие 4 года монголы ещё 4 раза присылали своих послов, и каждый раз получали от Токимунэ всё тот же ответ. Не рассчитывая на терпение Хубилая, он перевёл японские войска на юг острова Кюсю и стал ждать нападения. В 1274 г. армия из 25 тыс. монголов и корейцев вторглась на крохотные острова. Однако "божественный ветер" (название тайфуна и также перевод слова камикадзе) вынудил флот захватчиков повернуть домой, и угроза для Японии миновала на время.
Несмотря на вторжение, Хубилая можно было назвать разумным правителем. В 1275 г. он отправил ещё 5 посланников, потребовав дани. Они отказались уезжать из Японии без ответа, посему Токимунэ привёз их в Камакуру и обезглавил. В 1279 г. монголы прислали новую пятёрку, которую ждала та же судьба. Сам Токимунэ занялся укреплением берегов в местах, откуда, скорее всего, должна была прийти угроза.
Летом 1281 г. прибыла ещё более серьёзная армия. По описаниям в ней было 140 тыс. монголов и их союзников на 4 тыс. кораблях. Находясь в открытом море, они вступили в сражение с японской армией и флотом под командованием Токимунэ. Потерпев поражение на берегах Цусимы и Шикано, монголы, наконец, закрепились на Ики, однако позже бежали на остров Хирато. Через 3 дня японцы атаковали флот захватчиков, нанеся им огромные потери. Япония был спасена, и больше никто не угрожал ей вторжениями до конца Второй мировой войны.